中国人民解放军总医院第五医学中心擅长的科室有肝病科、血液科、感染性疾病科、肿瘤内科、心内科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、肝病科
中国人民解放军总医院第五医学中心肝病科成立于2020年4月，编设肝病内科、肝病外科、中医肝病科、肝病研究所和两个职能科室，是国家中医药管理局示范中西医结合医院、全军中医药研究所、中医药战备化重点实验室、全军肝衰竭诊疗与研究专病中心、全军小儿肝病专病中心。在重症肝病及疑难肝病诊断、生物治疗及中医中药研发等方面具有独特技术优势，融临床救治技术创新、科学研究、新药研发、成果转化于一体，是国家临床重点专科、全军重中之重建设学科。
2、血液科
中国人民解放军总医院第五医学中心血液科是集医疗、科研、教学、国防卫勤、干部保健于一体的国家级急性放射病和血液病的专业医疗科研机构。汇集了国内外知名的核化损伤及血液病救治专家，拥有一大批技术精湛、高素质的临床技术人员和科研人员。承担着国家『三防』医学中的『核化』医学救援战役和战术力量，承担国土全域、境外远域核化应急医学救援保障任务，作为『核化』医学救援战役和战术力量，承担首都『核化』事故安保救援任务；是国家临床重点专科军队建设项目、全军血液病中心、北京市重点学科。
3、感染性疾病科
中国人民解放军总医院第五医学中心感染性疾病科承担国家和军队重大感染性疾病的临床诊治、教学训练、转化研究和成果推广等任务，同时在全军重大传染病防控、生物安全和重大疫情处置中发挥不可或缺的战略保障力量，在新突发传染病以及相关的危重疑难疾病的临床救治，特别是在细胞治疗领域处于国际前沿水平。是国家自然科学基金创新群体、国家感染性疾病临床医学研究中心，建有全军传染病研究所、全军艾滋病和肝病防治重点实验室、全军新突发传染病防治实验室，是全军“双重”建设单位。
4、肿瘤内科
中国人民解放军总医院第五医学中心肿瘤内科是解放军总医院21个学部中规模最大的学部，编设肿瘤内科、介入放射科、介入超声科、放射治疗科、生物治疗科5个亚专科和1个肿瘤研究所，是国家临床重点专科军队建设项目科室、全军肿瘤诊疗中心、全军介入诊疗中心、教育部重点实验室、全军肿瘤研究所、全军肿瘤学重点实验室、北京抗体药物研发平台。集首长保健、卫勤保障、临床诊疗、转化研究、教学训练等多项任务于一体。
5、心内科
中国人民解放军总医院第五医学中心心内科是一集医疗、教学、科研、预防保健于一体的综合性心脏病治疗中心。下设两个病区、一个心电生理检查室。全年开设冠心病、高血压病、心衰、心律失常专科门诊，在这些疾病的诊治方面经验丰富。开展急性心肌梗死“生命绿色通道”，实行24小时全天候制度，能够在最短时间内进行急诊冠脉造影并开通梗死血管，极大地提高了急性心梗患者的存活率。