重庆呼吸科医院排名靠前的是陆军军医大学第一附属医院呼吸科、重庆医科大学附属第一医院呼吸内科、陆军军医大学新桥医院呼吸内科等。陆军军医大学第一附属医院呼吸科1962年成立，是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床学科，临床医疗水平处于西南地区领先地位；重庆医科大学附属第一医院呼吸内科是首批国家临床重点专科、委省共建国家呼吸区域医疗中心，复旦排行榜、中国医院科技量值（STEM）综合排名连续多年位列重庆第一、长江上游第一、西南地区第二，4D呼吸介入技术全国领先且具有国际影响力；陆军军医大学新桥医院呼吸内科是国家级重点学科，依托重庆市重点实验室开展基础与临床研究，2023年获全国专科声誉排名提名，学科综合实力强劲。
1、陆军军医大学第一附属医院 呼吸科
该科室1962年成立，历经多次学科调整后于1980年独立建科，1985年获批临床硕士学位授予学科，2002年获批博士学位授权学科。科室配备先进的呼吸机、肺功能仪、纤维支气管镜等诊疗设备。科室在西南地区率先开展胸膜活检、经纤支镜肺活检等多项诊疗新技术，自行研制的改良Abrams胸膜活检针推广至全国20多个省、市、自治区；基础研究领域在肺癌、COPD、肺间质纤维化方向均有原创成果，自研变频膈肌起搏治疗仪取得良好临床效益，学科规模和技术力量达国内先进水平。
2、重庆医科大学附属第一医院 呼吸内科
该科室是国内历史最悠久的呼吸病专科之一，为首批国家临床重点专科、委省共建国家呼吸区域医疗中心，拥有国家级省级医疗诊疗中心及培训基地16个，年门诊量超10万人次，年出入院超7千人次，患者来源覆盖全国20余个省直辖市，学科复旦排行榜、中国医院科技量值（STEM）综合排名连续多年位列重庆第一、长江上游第一、西南地区第二，4D呼吸介入、肺血管介入等多类技术全国领先并具有国际影响力，2022年呼吸科SCI论文总影响因子位列美国HealsanConsultingLLC全球呼吸领域排名第6，牵头或参与指南/共识及行业标准制订30余项。
3、陆军军医大学新桥医院 呼吸内科
该科室是国家级重点学科、重庆市高校重点学科、重庆市医学领先学科，2023年获全国专科声誉排名提名，为临床医学博士后流动站、呼吸内科博士学位授予点、国家药物临床试验机构呼吸专业，所属实验室为呼吸疾病基础研究重庆市重点实验室。科室人才培养成果丰硕，累计招收培养博士后10名、博士110名、硕士125名、进修生205名；科研成果突出，获国家科学技术进步二、三等奖各1项，省部级科学技术进步一等奖1项、二等奖20项。
4、重庆医科大学附属第二医院 呼吸内科
该科室是国家临床重点专科、国家呼吸与危重症医学（PCCM）专科医师培训基地、国家临床药品试验基地，为委省共建国家呼吸区域中心创建牵头单位、重庆市“呼吸危重症医学研究中心”，是博士学位授予点、博士后流动站。科室医生队伍博士学位占比达80%，有国务院特殊津贴专家2名、二级教授1名、重庆市学术带头人1名。科室在呼吸危重症救治、肺癌微创介入等领域技术达国内先进水平，超声气管镜诊治极具优势，是重庆市肺小结节与肺癌工作室授予单位，技术实力及服务质量名列西南地区前茅。
5、重庆大坪医院 呼吸内科
该科室诊疗覆盖气管、支气管、肺、纵隔及胸膜等全品类呼吸系统疾病，在肺间质疾病、慢阻肺与哮喘规范化诊疗、肺癌早期诊断与综合治疗方向形成特色优势，建成经皮、经支气管、经血管、经胸膜腔的肺脏病介入诊治平台，拥有电视内科胸腔镜、中央气道狭窄介入治疗、荧光支气管镜肺癌早诊等多项特色技术。科室科研实力突出，近年获863重大项目分课题1项、国家自然科学基金课题12项，近5年发表学术论文近百篇、SCI论文近20篇，获军队科技进步二等奖2项、三等奖3项，授权国家发明专利及实用新型专利40余项。科室聚焦肺癌基础与临床研究，获全国非小细胞肺癌个体化治疗“山茶花奖”，参与多项肺癌国际多中心临床研究，相关成果以唯一作者letter、共同作者论著形式发表于《新英格兰医学杂志》。
