湖州市中心医院擅长肝胆胰外科、肛肠外科、骨科、消化内科、感染科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肝胆胰外科
广泛开展针对肝胆胰脾复杂疑难疾病的诊治是该科室的另一大特色。建立了重症胰腺炎的系统化治疗方案，在肝胆胰复杂疾病的高难度手术及精细微创外科治疗方面处于省内领先。
2、肛肠外科
熟练掌握结直肠肿瘤的微创和传统手术，以及各种肛周疾病、慢性便秘等的诊治。特别是腔镜率90%以上，达到省级水平，整体综合医疗服务能力达到省内同行领先水平。
3、骨科
是浙北区域骨科学领头学科，医疗服务覆盖湖州市及浙苏皖三省交界地区。技术力量雄厚，在湖州地区率先常规开展包括人工关节置换手术、颈椎疾病的前后路手术、神经血管修复重建术等，临床经验丰富。
4、消化内科
在消化系统疾病的诊治上达到省内先进水平，承担湖州及周边地区消化系统疾病的诊治，是湖州地区消化专业的培训、会诊、质控中心。在该地区率先开展了所有的消化内镜治疗项目，引领湖州消化的发展，在浙北地区具有较大的影响力。
5、感染科
是湖州市重点学科、湖州市感染性疾病诊疗中心，是省级重点专科。目前是湖州市应对突发公共卫生事件中心，在新冠肺炎、H7N9禽流感、埃博拉出血热、霍乱、登革热等突发公共疫情中，成功救治多例疑难重症患者。