北京中医肛肠科医院排名靠前的是中国中医科学院广安门医院、中国中医科学院西苑医院、首都医科大学附属北京中医医院。
中国中医科学院广安门医院肛肠科是国内最早成立的中医肛肠专科，疑难病诊治与人才培养居全国领先。中国中医科学院西苑医院坐拥多项全国性学会主任/会长单位，中西医结合诊疗特色鲜明。首都医科大学附属北京中医医院拥有王嘉麟名老中医传承团队，中西医结合治疗慢性便秘、泄泻优势突出。
1.中国中医科学院广安门医院 肛肠科
是国内最早的中医肛肠专科，被国家中医药管理局定为“十一五”至“十四五”全国中医肛肠医疗中心，对痔疮、肛瘘、直肠脱垂的诊治为全国标杆，腹腔镜结直肠肿瘤微创手术广受认可。获国家级、省部级课题20余项，与十余国开展学术交流，累计培养博硕及进修生数百名。
2.中国中医科学院西苑医院 肛肠科
有六十余年历史，是多个全国性肛肠学会的主任/会长单位，为全国中医肛肠学科先进名医工作室。擅长中西医结合诊治结直肠恶性肿瘤、高位复杂性肛瘘、顽固性便秘等肛肠盆底疾病，独创高悬低切术、铜离子电化学疗法等特色术式，围手术期运用中药膏摩、穴位贴敷等多种中医外治法，大幅加速患者术后康复。
3.中国中医科学院广安门医院南区 肛肠科
为北京市、大兴区重点学科建设单位，可诊治60余种肛肠常见及疑难病。以中西医结合为特色，擅长消痔灵注射法治疗内痔、直肠脱垂，郭明浩主任发明专利“可弯曲空心探针”显著提升复杂肛瘘根治率。中药熏洗促进术后创面愈合，中药保留灌肠治疗炎性肠病疗效显著。
4.首都医科大学附属北京中医医院 肛肠科
建院即设科，拥有63年历史，是北京市级中医重点专科，拥有国家级名老中医王嘉麟传承团队及名家研究室，中西医结合治疗慢性泄泻、排便障碍性便秘为核心特色。保留挂线疗法、消痔灵注射等经典术式，创新开展Ligasure痔切除术等新技术，自研肛肠1号方、痔疮洗剂等院内制剂，有效解决术后排便困难、创面愈合慢等问题。
5.北京中医药大学东直门医院 肛肠科
为国家中医药管理局十一五重点专科、北京中医外科重点学科，中医外科博士点主干专科，由赵宝明、张书信两位全国肛肠学科名专家领衔。以“突出中医特色，发展微创技术”为核心，完善了重度痔、复杂性肛瘘、炎性肠病等病种的中医诊疗规范，大力开展腹腔镜微创手术治疗大肠肿瘤、盆底疝等疑难病。
同时深耕中医药外治新剂型研发，承担国家自然基金、首都医学发展基金等多项课题，主编6部肛肠学术专著。
