重庆市北碚区中医院擅长耳鼻喉科、针灸科、骨伤科、肾病科、脑病科等。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、耳鼻喉科
重庆市北碚区中医院耳鼻喉科系国家中医药管理局临床重点专科（中医），国家“十二五”重点专科，重庆市中医重点专科。大力开展针灸，中药雾化、熏药，皮内针，穴位注射，中药离子透入等多种中医传统治疗手段，中西医并重，在诊治喉痹病、鼻鼽病、喉瘖病、鼻渊病、耳鸣、耳聋等疑难慢性病上疗效独特，经验丰富。
2、针灸科
重庆市北碚区中医院针灸科系国家针灸理疗康复特色专科、重庆市中医特色专科。科室秉承中医经典和传统疗法结合理念，在脊柱关节疾病（如颈椎病、颈腰椎间盘突出症）、风湿类疾病、重度骨质疏松、股骨头坏死、膀胱过度活动症、退行性膝关节炎等疾病治疗方面有丰富的临床经验。在火针、平衡针、董氏奇穴、小针刀、盘龙夹脊针法、雷火灸、推拿、整脊等针灸、推拿、康复传统技艺上形成了治疗特色和规模，处于全市中医系统领先地位。
3、骨伤科
重庆市北碚区中医院骨伤科是国家级中医药特色专科，重庆市重点专科。科室中西医特色突出，融贯中西，互补统一，秉承“筋骨并重、内外兼治、动静结合、医患合作”的骨伤诊治理念。科室在脊微创脊柱外科、微创骨伤科、关节置换、关节镜技术及运动医学等方面疗效突出。
4、肾病科
重庆市北碚区中医院肾病科是市中医重点、特色专科，科室的年门诊量8000-10000人次，年住院量380余人次。科室擅长治疗肾脏内科常见病、多发病的基础上，在急慢性肾功能衰竭、急慢性肾小球肾炎、IgA肾病、肾病综合征、复杂性尿路感染、高血压性肾病、糖尿病肾病、紫癜性肾炎、狼疮性肾炎、系统性血管炎痛风及痛风性肾病等肾脏内科疑难危重症方面有丰富的临床经验。
5、脑病科
重庆市北碚区中医院脑病科，是国家中医药管理局“十一五”重点专科，“十二五”国家临床重点专科(中医专业)，是重庆市中医脑病主任委员单位，重庆市中医脑病学重点学科，重庆市名科。年门诊量3万余人次，年住院量3千余人次，年手术200余台。
