中国医科大学附属第一医院擅长内分泌与代谢病科、皮肤性病科、呼吸内科、整形外科、重症医学科，这5个科室都是国家重点学科，患者可以根据病情选择适合自己的科室就诊。
1、内分泌与代谢病科
省部共建国家重点实验室培育基地、国家临床重点专科建设项目，复旦专科排行榜中连续5年位居全国第七位，东北地区第一位。
2、皮肤性病科
获国内首批博士学位授权，是国家临床重点专科项目建设单位，在国际国内皮肤性病学学会组织中都有一定地位，在国内处于领先水平。
3、呼吸内科
卫生部临床重点专科建设单位、辽宁省转化医学研究中心、辽宁省呼吸疾病重点实验室，位列复旦专科排行榜第10名。
4、整形外科
现为中华医学会整形外科分会、医学美学与美容学分会常务委员单位，拥有国内外领先的修复重建病房和整形美容中心，获复旦版《中国医院专科排行榜》前十名、首届“辽宁省十佳医疗美容机构评选”第一名。
5、重症医学科
是中华医学会重症医学分会副主任委员及辽宁省医学会重症医学分会主任委员单位，是首批国家临床重点专科单位，是东北地区领先的疑难重症患者诊治中心。成立15年来，已经使上万名重症患者得以救治，恢复健康并重返工作岗位，创造了极大的社会效益。
除此之外，医院的普通外科、检验科、核医学科、全科医学科也都是重点学科，具备丰富的临床诊治经验，为患者就医提供可靠基础和保障。