淮南市第一人民医院擅长眼科、神经内科、普外科、肾脏内科、心血管内科，这些科室均是省级重点专科或市级重点专科，学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、眼科
是““十四五”安徽省重点专科”、““十三五”安徽省唯一眼科临床重点专科”，也是淮南市唯一一家“安徽省临床医学特色专科”，同时还是中国医师协会眼科分会常委单位。科室爆裂性眼眶骨折的整复及眼眶肿瘤的诊断和治疗技术处于市内领先水平，现已成为以淮南市为中心向皖北及周边地区辐射的有较大影响力的眼科治疗中心。
2、神经内科
是““十三五”临床重点培育专科”，也是““十四五”安徽省重点专科”，是国家卫计委住院医师规范化培训基地医院神经内科专业基地。科室在神经系统疾病综合诊治、疑难病和危重症患者救治等方面一直处于省级先进行列，市内领先水平，在省内享有较高的声誉。
3、普外科
系安徽省临床医学重点培育专科、国家首批“住院医师规范化培训”基地，为淮南市规模最大的“三级甲等”医院普外专科。科室拥有一支省内知名专家领衔、技术实力雄厚、学术水平一流的年轻学术梯队，对外科复杂疑难病症的处理尤为突出。特别是对于肝胆管结石、乳癌、胃癌等复杂危重病患的诊疗有丰富的经验，多项技术填补了省市空白。
4、肾脏内科
是安徽省重点特色专科、安徽省血液净化专科护士培训基地。科室配备有先进的诊疗设备，不断引进新技术、新设备，常规开展原发性肾小球疾病的诊治、血液透析、血液透析滤过、血液灌流、腹水浓缩灌注等工作，其中多项工作填补省、市空白。
5、心血管内科
是淮南市最早开展心血管疾病三级分科的临床科室，也是市级临床医学重点学科。学科拥有国内一流的先进医疗设备，开展各种新技术、新疗法，每年完成大量各种心血管系统常见病多发病、疑难危重疾病的诊疗工作，整体技术在淮南市处于领先水平。