北京消化内科医院排名靠前的是中国人民解放军总医院、北京大学第三医院、首都医科大学附属北京友谊医院。
中国人民解放军总医院消化内科全军首批国家临床医学专科中心，内镜中心规模与技术世界领先。北京大学第三医院消化科第一批国家临床重点专科，国内消化内镜技术发展的重要开拓者，开创多项国内内镜技术第一。首都医科大学附属北京友谊医院消化内科以消化疾病内镜介入微创诊疗享誉国际，是全国消化医师核心培训与学术交流平台。
1.中国人民解放军总医院 消化内科
分总院消化内科医学部、海南分院消化内科，为北京市重点学科、全军首批国家临床医学专科中心建设单位。总院拥有世界领先的消化内镜中心，国际率先定名完善消化内镜隧道技术、提出超级微创手术新概念，替代多项传统外科手术。在消化系统常见病、疑难病诊治和急危重症救治上特色鲜明。
肠道微生态与肿瘤表观遗传学研究居国际前沿，科研获国家科技进步二等奖、美国胃肠病学会国际奖等多项大奖。海南分院内镜诊疗与放射介入治疗技术全面，可开展ESD、POEM等各类内镜微创治疗。
2.北京大学第三医院 消化科
为第一批国家临床重点专科，北京大学消化疾病研究中心依托建设单位，是国内消化内镜技术的重要开拓者。开创国内ERCP、超声内镜、早期胃癌内镜治疗等多项内镜技术第一，内镜设备与诊疗技术与国际同步，为国家首批ERCP培训基地、全国消化医师正规内镜培训基地。
建有幽门螺杆菌感染及上胃肠疾病诊治研究北京市重点实验室，在胃癌筛查、幽门螺杆菌诊治等方面成果丰硕，获教育部、中华医学科技进步二等奖，亚专业齐全，是消化疾病疑难危重症核心诊治中心。
3.首都医科大学附属北京友谊医院 消化内科
国家重点（培育）学科、北京市重点学科，首都医科大学消化病学系挂靠单位，以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入微创诊断与治疗为核心特色，国内领先、国际知名。在消化系疑难病及肿瘤的发病机制、早期诊断与综合治疗上屡有突破，承担国家“863”计划、自然科学基金等多项国家级课题。
主办北京国际消化疾病论坛，为全国消化医师进修基地，技术推广辐射全国基层医疗机构。
4.北京大学第一医院 消化内科
由知名消化病专家建科，卫生部认定的消化专业临床药理基地，也是国家规范化培训基地。历经几代专家发展，建成规范的消化内镜诊疗室、胃肠动力学检查室及特色专病门诊，在消化系常见病、疑难病的临床诊疗上积淀深厚。始终深耕消化病学教学与人才培养。
5.北京协和医院 消化内科
由内科学泰斗张孝骞教授等奠基，是医院最早设立的专科之一，国内外知名的消化病学重点学科。亚专业设置齐全，临床与实验室技术实力雄厚，为国内消化疑难重症的核心诊治中心。科内设炎症性肠病、胰腺疾病诊治中心及消化内镜、胃肠动力疾病诊治中心，在消化系疑难病、罕见病的诊断与综合治疗方面具有行业标杆地位。
