武汉呼吸科比较好的医院是华中科技大学同济医学院附属同济医院、华中科技大学同济医学院附属协和医院、武汉大学人民医院，华中科技大学同济医学院附属同济医院的呼吸内科为国家卫健委呼吸系疾病重点实验室、教育部重点学科、卫生部临床重点专科，于2018年度中国医院专科综合排行榜（复旦版）排名第八。华中科技大学同济医学院附属协和医院呼吸内科是国家重点学科、国家临床重点专科。武汉大学人民医院呼吸与危重症医学科系湖北省重点学科。
第一名：华中科技大学同济医学院附属同济医院-呼吸内科
华中科技大学同济医学院附属同济医院呼吸内科为全国首批呼吸内科学硕士和博士学位授予单位，国家卫健委呼吸系疾病重点实验室，华中科技大学同济医学院呼吸疾病研究所，教育部重点学科（内科学呼吸系病），卫生部临床重点专科，国家呼吸系统临床医学研究中心核心单位，国家呼吸系统疾病临床研究中心分中心，湖北省呼吸内科医疗质控中心挂靠单位，湖北省慢性气道炎症性疾病临床医学研究中心，武汉市慢性气道炎症性疾病临床医学研究中心，呼吸与危重症医学科（PCCM）专培基地。2018年度中国医院专科综合排行榜（复旦版）排名第八。
第二名：华中科技大学同济医学院附属协和医院-呼吸内科
华中科技大学同济医学院附属协和医院呼吸内科是国家重点学科、国家临床重点专科、中华医学会呼吸病学分会全国委员单位、中国医师协会呼吸医师分会常委单位、湖北省医学会呼吸病学分会主任委员单位、国家级住院医师培训基地、国家PCCM（呼吸与危重症医学）专科医师规范化培训基地及三级医院优秀单位、国家临床药物试验基地。
第三名：武汉大学人民医院-呼吸与危重症医学科
武汉大学人民医院呼吸与危重症医学科系湖北省重点学科，现已发展为拥有呼吸病研究室﹑住院病房﹑呼吸危重症病房（RICU）﹑肺功能室及呼吸内镜室等功能完整的现代呼吸与危重症专科。有全国先进的RICU病房，配备先进的有创及无创呼吸机和监护系统。同时拥有床边气管镜和血气分析系统。学科先后承担国家自然科学基金面上项目11项、青年基金项目4项，国家重点研发计划项目子课题1项，参与国家重点研发计划应急项目1项。
第四名：武汉大学中南医院-呼吸与危重症医学科
武汉大学中南医院呼吸与危重症医学科为院级重点专科、优势学科，对呼吸系统罕见病、少见病的诊断能力省内领先，疾病难度系数（CMI）在武汉大学中南医院内科系统排名第一。在呼吸危重症、呼吸内镜介入诊疗、支气管哮喘、间质性肺病等领域形成学科优势，尤其是呼吸危重症，已成功开展体外膜肺氧合（ECMO）、连续肾脏替代疗法（CRRT）等高级生命支持治疗。
第五名：武汉市第一医院-呼吸内科
武汉市第一医院呼吸内科为武汉市临床重点专科，湖北省中医重点专科，拥有设备完善的呼吸介入治疗室、肺功能检查室、多导睡眠监测室，过敏（变应）原检查室。承担国家自然科学基金项目1项、湖北省自然科学基金项目3项、湖北省卫生厅课题1向、市级科研项目11项。获得武汉市科技进步奖2项。在呼吸系统感染性疾病、肺部肿瘤的早期诊断及介入治疗、支气管哮喘、慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病等亚专科领域形成了显著的专业特色。
第六名：武汉市第三医院-呼吸与危重症医学科
武汉市第三医院呼吸与危重症医学科在2016年被评为武汉市重点专学科（在建）科室。科室借鉴国际先进模式，率先在湖北省成立了呼吸治疗小组参与急慢性疾病的管理，并多次派员赴海外进修，对有创及无创机械通气的综合管理和各类危重症患者的救治有着丰富的经验，可进行床旁肾脏替代治疗。科室在国内呼吸治疗领域具有一定学术地位，多次接待世界呼吸照护联盟主席、美国呼吸治疗学会主席及台湾呼吸治疗学会理事长等各国各地区的专家参访。
第七名：华中科技大学同济医学院附属梨园医院-呼吸内科
华中科技大学同济医学院附属梨园医院呼吸内科始建于1981年，逐步形成以老年呼吸系统疾病防治为主的特色专科，在慢性阻塞性肺疾病、慢性肺源性心脏病、支气管哮喘、肺部感染性疾病、支气管扩张症。肺间质性疾病、胸腔积液及肺癌，阻塞性睡眠呼吸暂停、呼吸危重症抢救治疗、支气管镜下介入治疗等方面积累了丰富的的临床经验，在慢性阻塞性肺疾病、肺动脉高压的防治及发病机制研究方面形成相对固定的研究方向，并形成了自己的特色和优势，享有良好的社会声誉。
第八名：武汉市第四医院-呼吸内科
武汉市第四医院呼吸内科是武汉市临床重点专科，获得湖北省卫生厅授予的“巾帼文明示范岗”称号。现有设备BIPAP呼吸机6台(可行无创和有创呼吸衰竭治疗)、奥林巴斯P60纤维支气管镜系统3套、肺功能仪3台，睡眠监测仪1台。纤维支气管镜的检查和治疗、呼吸机治疗、微导管治疗顽固性胸腔积液和气胸、经胸壁肺活检诊断肺周围性病变、肺功能检测、支气管激发和舒张试验诊断慢阻肺、支气管哮喘等多种项目，取得了良好的效果。
第九名：中国人民解放军中部战区总医院-呼吸内科
中国人民解放军中部战区总医院呼吸内科现已成为医疗、科研、教学全面发展的综合型学科，被批准为广州军区呼吸内科中心。拥有在武汉市有一定知名度高的老专家和后起的中青年专家，在吸入性肺损伤、肾移植术后肺部感染、咯血、肺栓塞诊治方面具备领先优势。尤其擅长治疗肾移植术后肺部感染病人，成功率高，特别是肾移植后巨细胞病毒肺炎救治水平具有国内领先水平。
第十名：武汉科技大学附属天佑医院-呼吸内科
武汉科技大学附属天佑医院呼吸内科，设有肺功能室、支气管镜室，专用设备有纤维支气管镜、大型肺功能仪、无创呼吸机具有先进的通气支持功能。同时科室具备多台电子超声雾化器，对治疗各种急、慢性呼吸道感染、慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘急性发作期有较好的疗效。对咳嗽、呼吸困难(气短、憋气、气喘)、咯痰、胸痛、咯血及胸片胸部CT异常所见的病因判定有着丰富的经验和完备的手段。