杭州市红十字会医院擅长的科室有内分泌科、风湿免疫肾内科、妇产科、针灸科、结核科等。
1、内分泌科
杭州市红十字会医院内分泌科，诊疗范围为糖尿病、各种甲状腺疾病、甲状旁腺疾病、骨质疏松症、肥胖症、肾上腺疾病、垂体疾病、尿崩症、痛风（高尿酸血症）、电解质紊乱、身材矮小症、溢乳症、多毛症及各种少见的内分泌代谢疾病等。尤其对中西结合治疗糖尿病肾病、糖尿病足病方面尤为突出。科室目前还开展了精氨酸激发试验、可乐定激发试验、戈那瑞林兴奋试验，TW3法检测骨龄，对儿童生长发育和性发育异常的诊断和治疗也是科室的治疗特色。
2、风湿免疫肾内科
杭州市红十字会医院风湿免疫肾内科，采用中西医结合方法治疗系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、干燥综合征、强直性脊柱炎等风湿病和慢性肾炎、IgA肾病、肾病综合征、紫癜性肾炎、糖尿病肾病、慢性肾功能衰竭等肾脏病，取得出色的疗效。科室长期临床实践行之有效的独特中药方剂，进行蜡疗、熏洗、外敷，结合离子导入、远红外线、超短波、微波、独特手法对病人辩证施治、个体化治疗，达到少服或不服止痛药，同样缓解症状、减轻疼痛。
3、妇产科
杭州市红十字会医院妇产科，目前诊治先兆流产、宫颈病、月经失调、妇科各类肿瘤等妇科疾病，及产科常见病和高危妊娠等疑难杂症；依托结核科及结核实验室，采用宫腹腔镜联合手术，能提高对女性盆腔结核诊断、治疗及治疗后生育能力评估的能力。科室研制了妇科灌肠液、流产后复旧方、盆底康复方、艾熏等中医药特色的专科治疗，加速妇科炎症、妇科手术后及产后恢复，充分发挥了中西医结合优势治疗妇产科疾病。
4、针灸科
杭州市红十字会医院针灸科，擅长治疗各类骨关节疾病（腰肌劳损、类风湿性关节炎、落枕、网球肘、痛风、强直性脊柱炎等）；妇科疾病（多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、痛经、产后尿潴留等）。神经系统疾病（面瘫、失眠）；呼吸系统疾病（慢性咽炎、过敏性鼻炎、过敏性哮喘、慢性气管炎等）；消化系统疾病（慢性胃炎、便秘、痔疮、慢性胆囊炎、慢性腹泻）。
5、结核科
杭州市红十字会医院结核科，目前有主要仪器设备包括多排螺旋CT、电子支气管镜、电子胸腔镜、呼吸机、中心监护系统、肺功能仪、舌面脉体质辨识系统、MGIT960结核分枝杆菌液体培养仪，实时荧光定量PCR分析仪，GENE-XPERT结核快速诊断仪、Hain结核快速诊断仪、博奥结核分子芯片仪及荧光显微镜等设备等。科室负责全省结核病诊断、治疗的技术指导工作，形成了特色的结核病诊治技术优势。