杭州市西溪医院擅长肝病科、感染科、消化内科、心血管内科、神经内科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、肝病科
是杭州市西溪医院的骨干病区，科室集医、教、研为一体，以重症肝病的血液净化（人工肝）治疗，以及肝病、肝癌的早期诊断与中西医综合治疗为核心特色，学科发展达国内领先水平。
2、感染科
科室以收治感染性疾病为特色，是杭州市感染性疾病临床质控中心挂靠单位，是省级重点学科、杭州市一类医学重点学科。科室拥有一批爱岗敬业、较高医疗技术水平的医护人员，擅长败血症、中枢神经系统感染等方面的诊治，获得较好的临床疗效。
3、消化内科
是院内省级重点学科的亚专科之一，科室团队临床经验丰富，在化脓性胆管炎的紧急救治、晚期胆管胰腺癌的生活质量延长等临床难点上努力钻研，为广大患者提供质优价廉的诊治方案，并使得医院肝胆胰疑难疾病的诊疗水平跻身省内一流。
4、心血管内科
是以收治心血管病为主的，集医疗、教学和科研于一体的心血管专业科室，是医院重点学科建设单位，擅长高血压病、冠心病、心肌炎、心肌病的诊治，目前已在社会中产生了良好的声誉，深受病人的欢迎，受到了同行们的赞许。
5、神经内科
是院内重点扶持学科、中国卒中中心联盟成员单位、中国帕金森联盟成员单位等，主要诊治范围包括各种病因引起的脑中风，以及癫痫、脑炎、脑膜炎、帕金森病等，疗效显著。
