黔西南布依族苗族自治州人民医院擅长的科室有新生儿科、妇科、呼吸与危重症医学科、肝胆外科、神经外科等。
1、新生儿科
黔西南布依族苗族自治州人民医院新生儿科，是医院的重点专科，也是黔西南州危重新生儿救治中心，荣获《贵州省三八红旗集体》及《青年文明号》。新生儿科救治水平在全州乃至全省处于领先地位，新生儿疾病诊疗及重症监护技术水平在全州处于首位，在全省处于领先地位。
2、妇科
黔西南布依族苗族自治州人民医院妇科是医院重点学科，科室设备先进，擅长宫颈癌根治术、外阴癌根治术、卵巢肿瘤细胞减免术、盆腔淋巴结及腹主动脉淋巴清扫术、腹股沟淋巴结清扫术、经腹全子宫、次全子宫切除术等手术。并开展了HPV及TCT等宫颈癌筛查项目及盆底康复治疗等新项目。
3、呼吸与危重症医学科
黔西南布依族苗族自治州人民医院呼吸与危重症医学科，为院级重点专科，是黔西南州呼吸疾病诊治龙头单位。科室拥有过硬的医护队伍、雄厚的技术力量，一流的医疗设备，为黔西南州医院医、教、研、管临床内科教研基地。近年来已有3项科研获州科技进步奖，其中一等奖1项，三等奖2项，科研项目获州科技局立项9项，各项技术处于省内先进水平。
4、肝胆外科
黔西南布依族苗族自治州人民医院肝胆外科目前已在黔西南州率先开展了腹腔镜下胆总管切开+管引流术、腹腔镜脾切除、肝切除术等一系列微创外科手术。2009年至今先后独立开展了ERCP等新技术。担负着黔西南州州周边地区的疑难杂症的诊治和复杂脏器外伤的紧急救治。在肝胆胰疾病外科治疗领域处于周内的绝对主导地位。
5、神经外科
黔西南布依族苗族自治州人民医院神经外科成立上世纪80年代，全面开展医疗、科研、教学工作，分脑血管病、脑外伤、肿瘤、功能神经外科等亚专业组。率先在全州开展脑动脉瘤开颅夹闭和栓塞治疗，能完成各种颅脑创伤的手术及救治、脑及脊髓肿瘤的显微外科及内镜手术治疗、全脑血管造影、脑血管病开颅及介入栓塞，发表论文五十余篇，2018年01月19日成为北京天坛医院神经系统疾病专科联盟成员单位。
