江苏省中医院擅长脾胃病科、中医神经内科、骨伤科、推拿科、针灸康复科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、脾胃病科
由著名中医药学家、江苏孟河医派名家张泽生教授领衔创立，现已发展成为国家区域中医（脾胃病）诊疗中心、国家临床重点专科、国家中医药管理局中医药重点学科、江苏省医学重点学科，是全国中医系统唯一以脾胃病为主攻方向的国家中医临床研究基地，专科业务量和技术水平居全国同行业领先水平。
2、中医神经内科
是省内最大的脑病中西医结合治疗中心，是江苏省卫健委的省级卒中中心建设单位、中国卒中联盟卒中中心、江苏省中医药局重点专科等，其中神经介入诊疗技术省内领先，造福广大患者，获得了较好社会效益。
3、骨伤科
现已发展成为高水平的集临床、教学、科研为一体的科室，是江苏省中医重点专科、江苏省中医药学会骨伤分会主任委员单位，拥有临床经验丰富的高级专家主持工作，疗效优异。
4、推拿科
由全国著名骨伤推拿专家施和生创立，是江苏省中医重点临床专科、全国中医药康复保健优秀单位，在推拿治疗骨伤、小儿、内妇、五官等各科病症方面积累了较丰富的经验，受到广大患者的欢迎和好评。
5、针灸康复科
是国家中医药管理局重点学科、江苏省中医示范专科，也是世界卫生组织国际针灸临床培训基地、国家中医药管理局中医优势学科针灸学继续教育基地等，多项诊治水平在省内处于领先地位。