广东省中医院擅长肺病科、肾内科、脑病科、皮肤科、重症医学科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肺病科
是广东省重点中医呼吸专科建设单位、国家中医药管理局重点肺病科建设单位。在引进先进诊疗技术的同时，不断发扬传统中医中药在治疗呼吸疾病中的优势，诊治慢性阻塞性肺病、支气管哮喘、慢性咳嗽、呼吸道感染性疾病等疾病，疗效显著。
2、肾内科
是第一批国家中医药管理局重点专科、全国最早五家中医肾病重点专科之一。致力于中医药延缓慢性肾脏病进展的临床和研究工作，充分发挥中医特色和优势，运用中医经典理论指导下开展诊疗，诊疗手段不断丰富，是中医特色明显、临床疗效显著、全国一流的中医肾病专科。
3、脑病科
是全国中医系统最早建立的专科之一、广东省中医脑病专业的龙头。开展中西医结合、内外科结合、康复与治疗结合的特色诊疗模式，形成从院前急救到住院治疗再到康复理疗全过程、全方位的卒中早期一体化诊疗模式，能够为患者最及时地提供中西医结合药物治疗。
4、皮肤科
是全省最早设立的中医皮肤科之一、广东省中医皮肤病重点专科。开设了特应性皮炎、银屑病、皮肤癣病、系统性红斑狼疮等7个专科专病门诊，开展截根疗法等独具特色的专科疗法10余种，使用中医及中西医结合方法治疗皮肤病，在全省乃至全国、港澳台、东南亚地区都享有盛誉。
5、重症医学科
是全国中医院中最早建立的大型综合型ICU、国家卫健委临床重点专科、广东省临床重点专科。率先在全国中医院中开通急性心肌梗死“绿色通道”，在急性心肌梗死介入治疗中处于全国中医系统领先地位。
