南京医科大学附属逸夫医院擅长的科室有普外科、心血管内科、神经内科、肾内科、老年医学科等。
1、普外科
南京医科大学附属逸夫医院普外科，可开展肝脏手术：肝癌左、右半肝切除手术、中肝叶切除术，肝脏巨大血管瘤剥除术，肝脏肿瘤经皮射频消融术。肝脏的各种腔镜手术。胰腺手术：胰腺癌的手术切除、胰十二指肠切除、胰体尾切除、中段胰切除，保留脾脏的胰体尾切除，以及高难度的保留十二指肠的胰头切除等手术。乳腺良性肿瘤麦默通/Encor微创旋切手术、乳头溢液超细乳管镜检查和治疗更是科室的一大亮点。
2、心血管内科
南京医科大学附属逸夫医院心血管内科，目前包括心血管普通病房、冠心病监护病房（CCU）、介入导管室、心功能室、心脏远程会诊中心5个部分。设施先进的CCU已经投入使用。介入导管室设施完善，装备目前国际最先进的飞利浦DSA，能够完成冠状动脉造影、冠状动脉介入治疗、心脏起搏器植入等手术。心功能室具有心脏彩超检查、常规心电图检查、动态心电图检查、动态血压检查、平板运动试验以及起搏器程控测试等功能。
3、神经内科
南京医科大学附属逸夫医院神经内科，已成立了脑血管病学组、神经心理学组、神经免疫和中枢感染学组、神经变性疾病学组、神经重症学组、遗传病学组等亚专科。可诊治各种脑血管疾病如脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血，周围神经疾病如多发神经炎、神经痛、面神经炎，脊髓疾病如脊髓炎、多发性肌炎、周期性瘫痪，癫痫、头痛、眩晕，遗传和变性疾病如肌营养不良、运动神经元疾病，锥体外系疾病如帕金森病，中枢神经系统感染如病毒性脑炎等疾病。
4、肾内科
南京医科大学附属逸夫医院肾内科，病房主要收治急性、急进性、慢性肾炎，肾病综合征，肾小管、肾间质疾病，自身免疫性疾病及结缔组织疾病肾损害，包括系统性红斑狼疮性肾炎，血管炎肾损害，过敏性紫癜性肾炎，抗肾小球基底膜病等，和其他因素所致肾损害，如糖尿病性肾病，高血压肾病，多发性骨髓瘤肾损害，乙肝相关性肾损害，多囊肾等，同时可开展肾组织活检术，动、静脉内瘘成型术，颈内静脉穿剌置管术，腹膜透析置管术，腹膜透析等。
5、老年医学科
南京医科大学附属逸夫医院老年医学科，拥有先进的心电监护系统、动脉硬化检测仪、睡眠呼吸检测仪、运动心肺功能测试系统等设备。科室主要从事老年期疾病的临床诊断、治疗、预防、康复，提供高质量的医疗保健服务。各级临床医务人员已具备了较强的处理本专业疑难危重症的能力，并在心脑血管病的诊治与研究，尤其是冠心病、脑卒中以及神经变性病、社区常见慢性病的防治及老年危重症等方面颇具专长与特色。