东莞市人民医院擅长的科室有内分泌科、肾病科、呼吸与危重症内科、神经内科、神经外科等。
1、内分泌科
东莞市人民医院内分泌科，是广东省临床重点专科，东莞市临床重点专科，在内分泌代谢疾病的各种重症抢救方面累积了丰富的经验，并于近年开展了糖尿病胰岛素强化治疗、糖尿病足超声清创、医学体重管理、甲状腺结节的细针穿刺及消融治疗等多种专科技术。
2、肾病科
东莞市人民医院肾病科，是广东省临床重点专科、东莞市临床重点专科，可开展肾病各项诊断治疗及操作手术，包括各种原发性肾脏疾病、继发性肾脏病、遗传性肾脏病、泌尿系结石、肾移植术后随访的诊治等，近年来率先在东莞地区开展自体高位及复杂内瘘成形术、人造血管动静脉内瘘成形术、超声引导下经皮血管腔内成形术、蛋白A免疫吸附、自动化腹膜透析等新技术。
3、呼吸与危重症内科
东莞市人民医院呼吸与危重症内科，为省、市临床重点专科，在急性呼吸道传染病合并ARDS、慢性阻塞性肺病及哮喘、各种疾病所致呼吸危重症、肺血栓栓塞性疾病、肺间质性疾病（免疫相关性肺疾病）、胸膜疾病、发热的鉴别等众多领域的诊疗水平居东莞首位、省内前列。
4、神经内科
东莞市人民医院神经内科，是东莞市唯一的神经病学广东省临床重点专科，是全市首个国家神经病学住院医师规范化培训基地。临床医疗特色是擅长脑血管病全程规范化治疗，熟练掌握颈动脉/椎动脉支架成形术、机械取栓术等四级手术，可以诊断疑难、少见的神经变性疾病，能对癫痫、中枢神经系统感染、重症脑血管病等进行更精确的监护。
5、神经外科
东莞市人民医院神经外科，是广东省临床重点专科，东莞市临床重点专科，开展了脑血管病、椎管内肿瘤、颅脑创伤、颅内肿瘤、颅脊先天性疾病和神经外科特殊病种的诊治工作，在疑难重症神经肿瘤疾病、出血性脑血管病、脑及脊髓损伤、功能性神经疾病的诊治及微侵袭技术等诸多方面，处于省内先进水平。