中国中医科学院广安门医院擅长肿瘤科、风湿病科、皮肤科、泌尿科、心血管科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、肿瘤科
是集医、教、研一体的国家级中医、中西医结合肿瘤学专业科室，在国内外享有盛誉。科室目前是国家区域中医肿瘤诊疗中心、国家中医药管理局重点学科；同时还是国际中医药肿瘤联盟、中国中医肿瘤防治联盟主席单位。在全国率先开展肿瘤扶正培本治则的研究，组织全国中医药专家形成了国家首部《中医治疗肿瘤临床指南》，填补了国内外空白。
2、风湿病科
为国家临床重点专科、国家中医药管理局重点学科、国家区域中医（专科）诊疗中心。同时还是全国最早成立的以研究中医风湿病（痹证、痹病）为主要方向的科室之一。牵头制订《类风湿关节炎病证结合诊疗指南》等行业指南及临床路径。创建了中华中医药学会风湿病分会，带动全国中医风湿病事业迅速发展。
3、皮肤科
是国内最早成立的中医皮肤科之一，是国家重点学科和临床重点专科建设单位，拥有全国名老中医药专家传承工作室3个，是国内最早的中医皮肤病方向博士及硕士授权点。设有特需门诊、专家门诊、专题门诊、普通门诊等，积极使用皮肤镜、皮肤病理等现代医学诊断技术，拥有完备的激光治疗设备，开展现代医学诊疗项目。
4、泌尿科
是我国最早成立的以中医、中西医结合治疗为主的特色专科，是全国中西医结合泌尿外科专业委员会挂靠单位、“十二五”国家中医药管理局重点学科。学科开创者刘猷枋教授，是我国中西医结合泌尿外科事业的开拓者和奠基人，曾获阿尔伯特·爱因斯坦世界科学奖。
5、心血管科
是广安门医院唯一的心血管疾病专业科室，是国家重点学科、重点专科建设单位。科室拥有国医大师、岐黄学者、全国名老中医师承导师、中国中医科学院首席研究员、中华中医药学会科技之星等中医人才，设有普通门诊、专题门诊、特需门诊，可为各种心血管疾病患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
