嘉兴市的三甲医院有嘉兴市第一医院、嘉兴市妇幼保健院、嘉兴市中医医院等。其中嘉兴市第一医院在2020年国考中晋级A＋序列，进入全国百强行列，还是全市率先通过国家药物临床试验机构（GCP）资格认定的医院；嘉兴市妇幼保健院拥有2个国家级特色专科，2个市级医学重点支撑学科；嘉兴市中医医院连续三年在国考中获得A的优秀成绩，其拥有国家级重点专科3个，省级重点专科9个。
第一名：嘉兴市第一医院
嘉兴市第一医院为嘉兴市规模最大、设施齐全、技术力量雄厚的三级甲等综合医院。开放35个临床专科、15个医技科室，80多个专家专科门诊。医院是市本级唯一传染病定点诊治单位，也是省新冠肺炎诊治定点医院。是全市率先通过国家药物临床试验机构（GCP）资格认定的医院。医院在2020年度全国三级公立医院绩效“国考”中，晋级A＋序列，进入百强。
第二名：嘉兴市妇幼保健院
嘉兴市妇幼保健院拥有孕产期保健和新生儿保健两个国家级特色专科，产科为全省首批区域专病中心建设单位，围产医学为省市共建学科，生殖医学中心为省生殖医学创新团队建设单位。医院建设有妇科、产科学两个市级医学重点支撑学科，儿科、小儿外科学两个市级医学重点扶持学科，乳腺病学、生殖医学和胎儿医学三个市级医学重点创新学科，中西医结合儿童康复学一个市级中医药重点创新学科。
第三名：嘉兴市中医医院
嘉兴市中医医院是嘉兴市属集医疗、教学、科研、康复保健为一体的综合性、现代化国家级三级甲等中医医院。国家重点建设中医院，先后荣获全国卫计先进集体、全国五一劳动奖状、现代医院管理制度国家级试点医院，2019-2021年连续获得国家三级公立中医医院绩效考核A等次。拥有国家级重点专科3个，省级重点专科9个，市级重点专科11个。
第四名：浙江武警总队医院
浙江武警总队医院1996年被评为“三级乙等”综合性医院，被浙江省评为第六、第七届价格计量信得过单位。设门诊部、急诊科和13个医技科室、17个病区25个临床科室，先后获武警科技进步奖56项，国家专利3项，被总部荣记集体二等功、集体三等功，被总部后勤部评为“先进医院”，连续9年被总队评为先进集体，连续12年被嘉兴市评为市级文明单位。
第五名：嘉兴市第二医院
嘉兴市第二医院是浙江省第三家、嘉兴市第一家通过全国胸痛中心论证单位、全国综合医院中医药工作示范单位，地级市唯一一个浙江省肢体功能障碍康复临床医学研究中心。医院在2021年全国三级综合公立医院绩效考核中获A+，迈入全国三级综合医院前10%行列。神经内科、肿瘤科（培育项目）为浙北区域专病中心，康复医学科、麻醉（疼痛）学科为浙江省医学重点扶植学科，康复医学、临床药学为浙江省中医药重点学（专）科。
第六名：海警医院
海警医院2006年晋升为“三级甲等”综合性医院。该院是全省首批城镇职工医疗保险定点医院和嘉兴市城乡居民合作医疗定点医院，是嘉兴地区医疗系统唯一被浙江省评为“价格计量信得过单位”。医院各类专科设置合理全面，基础设施配套齐全。设有门诊部、ICU、CCU和18个病区30个临床科室、14个医技科室，开展各类专业50余个，展开床位近千张。
第七名：平湖市中医院
平湖市中医院是一家集医疗、急救、预防保健、科研、教学等于一体的综合性中医医院。专科特色明显，肾病科是国家级农村中医重点专科建设单位、省级中医重点专科、省“十三五”中医药重点专科建设单位、嘉兴市首批医学重点学科；中西医结合心血管病学科被列为浙江省中医药基层优势类重点学科，骨伤科是浙江省“十三五”中医重点专科建设单位；心血管内科、呼吸内科、骨伤科是首批平湖市医学重点学科等。
第八名：海宁市中医院
海宁市中医院是一所以中医与肿瘤为特色，集临床医疗与护理、科研与教学、预防与保健于一体的国家三级乙等中医医院。医院的中医消化科、疮疡外科、甲状腺专科、儿科呼吸病专科、中西医肿瘤科、中西医肛肠病专科、中医妇科、男性科、乳腺肿瘤专科、脂肪肝专科、睡眠专科等专病专科颇具特色。
第九名：浙江省嘉善县第一人民医院
浙江省嘉善县第一人民医院是嘉善县规模最大、设施设备最齐全的集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的三级乙等综合医院。神经外科是浙江省县级龙头学科；泌尿外科、疼痛科为嘉兴市医学重点学科。
第十名：海宁市人民医院
海宁市人民医院是一所集医疗、教学、科研、急救、保健为一体的三级乙等综合性医院，院内挂靠有市急救中心、中心血库、市医学会、市护理学会及十个医疗质控中心，并成立了内科、外科、儿科、妇产科四个临床教研室，为省各大医学院校教学医院。还建立拥有先进监护设备的重症监护病区（ICU），开通了医疗急救绿色通道。