北京市肛肠医院擅长结直肠肛门外科、脾胃病科、皮肤科针灸科、耳鼻喉科。上述科室高端人才荟萃、技术实力雄厚、设备设施先进，可为患者提供精准的诊疗服务。
1、结直肠肛门外科
是北京市成立最早的治疗肛门、直肠疾病的专科。现已成为集医疗、科研、教学为一体的综合性省部级肛肠病重点专科。拥有一支技术精湛、经验丰富的医疗队伍，结合国际先进治疗理念，在诊治肛肠科常见疾病、复杂疑难及急危重症中特色突出，疗效显著，并开创了肛门疾病微创治疗的新领域。
2、脾胃病科
是市级中西医结合重点专科，是区域内的炎性肠病诊疗中心。科室在将中医中药发扬光大的同时，也注重西为中用，中西医并重，确立了以炎症性肠病、盆底疾病为优势病种的中西医结合综合诊治体系，并取得良好效果。
3、皮肤科
该科室临床诊疗技术已达到同行业领先水平，率先引进宝石激光治疗仪、点阵激光等国际领先的治疗设备，充分发挥中西医结合治疗皮肤病的特色手段，经多年临床验证，在皮炎、湿疹、荨麻疹、青春痘痤疮、灰指甲、尖锐湿疣、皮肤美容等方面的治疗上，临床疗效肯定，患者满意度高。
4、针灸科
科室历史悠久，人员结构合理，拥有专业的针灸医师，充分发挥中医特色诊疗技术，运用中药、熏洗、针刺等各类疗法，在膝关节退行性病变、颈椎病、腰椎间盘突出症、肩周炎等疾病的治疗方面均有显著疗效，深受患者好评。
5、耳鼻喉科
是一个医风优良、技术精湛、经验丰富的专业科室。配备有进口的耳鼻喉综合诊疗台、自带冷光源咽喉镜、鼻窦镜等专业检查设备，以及进口空气压缩雾化器、耳鼻喉微波治疗仪等治疗设备。为患者提供各类鼻炎、咽炎、中耳炎等常见病、多发病的诊疗及耳聋耳鸣的检查治疗。
