辽宁中医药大学附属第三医院擅长的科室有肛肠科、骨伤科、皮肤科、内科等。
1、肛肠科
辽宁中医药大学附属第三医院肛肠科在治疗其它肛肠疑难病方面，手术治疗环状混合痔、嵌顿痔在一次彻底治疗的同时较好地解决了术后肛门皮肤缺损、肛门狭窄等困扰临床多年的难题。技术力量雄厚，对肛门、直肠类疾病和大肠肿瘤等疾病的治疗积累了丰富的经验。
2、骨伤科
辽宁中医药大学附属第三医院骨伤科秉承中医传统，结合现代科学，运用独特的中医正骨手法，对骨折、关节脱位、小关节功能紊乱、筋伤等进行复位、固定，使损伤恢复正常。擅长非手术疗法纯中药内服外用治疗各种骨折、骨性关节炎、关节肿痛、骨质增生、股骨头坏死等，安全可靠，疗效确切，且疗效好、疗程短、痛苦小、功能恢复快。
3、皮肤科
辽宁中医药大学附属第三医院皮肤科，技术力量雄厚，中医特色等优势，学术地位省内领先。诊疗项目包括银屑病、白癜风、湿疹、带状疱疹、激素反跳性皮炎、扁平疣、黄褐斑、玫瑰糠疹、扁平苔藓、毛发红糠疹、皮肤瘙痒症、神经性皮炎、结节性痒疹、各种疣类皮肤病、手足癣、体癣、毛囊炎、疮疡、疖肿、肛周皮肤病、红斑狼疮、皮肌炎、硬皮病等。
4、内科
辽宁中医药大学附属第三医院内科是以提高中医药临床疗效为核心，以继承发扬中医药特色优势为重点，以中西医结合诊疗为手段，集医、教、研于一体的综合性科室。该科室拥有专业医学团队，科室医护人员基础力量强大，科室人员近年来共发表科研论文100余篇，参与省级及以上科研课题16项，参编专业著作近20部。技术力量雄厚，科室擅长利用因人、因时、因地制宜的个体化诊疗体系，辨证论治等中医特色方法治疗内科各系统常见疾病。
