北京积水潭医院擅长骨科、手外科、烧伤科、运动医学科、急诊科，这5个科室都是国家临床重点专科，患者可根据自身的具体情况选择合适的科室就诊。
1、骨科
连续13年获复旦专科声誉排行榜全国第一名，下设多个临床亚科室，如创伤骨科、脊柱外科、小儿骨科等，还具备十多个国际领先水平的学术专业组，承担大量相关的临床及科研工作，在国内处于领先地位或领导地位。
2、手外科
由“中国手外科之父”、中国工程院王澍寰院士创建，完成多项“世界第一例”、“中国第一例”的手术，在国内率先开展手部支具康复治疗系统，组建全国手外科学组，培养手外科医生近4000余名，被誉为“中国手外科的摇篮和发源地”。
3、烧伤科
我国最早建立的烧伤专业之一，也是集医、教、研为一体的全国最大的烧伤中心之一，科室专业技术过硬、设备配置先进、治疗水平居国际领先行列，可以完成各种复杂性手术，为烧伤救治提供可靠基础和保障。
4、运动医学科
在国内首屈一指，开展了大量的开创性工作，填补了积水潭医院及国内专业领域多项技术空白，其中一部分属于国际首创。科室成功诊治了大量的运动损伤患者，形成了崭新的患者群体，取得了显著的社会效益。
5、急诊科
成功入选首批“国家紧急医学救援基地”项目储备库，配备功能齐全的亚专科诊室、抢救区、EICU、留观区、输液区、放射、检验、药房，和功能齐全的手术室等，能够为患者提供全方位一站式服务。
