治疗房间隔缺损好的医院有中国医学科学院阜外医院、首都医科大学附属北京安贞医院、复旦大学附属中山医院等，应就诊于心外科，中国医学科学院阜外医院心血管外科是目前全世界最大的成人心脏外科中心之一，能够为所有心脏病患者提供服务；首都医科大学附属北京安贞医院心脏外科中心为我国最大的心脏外科中心之一，在复杂先天性心脏病的外科手术治疗方面居国内领先地位；复旦大学附属中山医院心外科是我国心血管外科的的创始基地之一，是华东排名第一的中国最顶尖心脏外科中心。
第一名：中国医学科学院阜外医院-心血管外科
中国医学科学院阜外医院心血管外科，是阜外医院外科系统最大的诊疗中心，也是目前全世界最大的成人心脏外科中心之一，服务的专业范围为所有心脏病患者，其治疗水平处于国内第一和世界领先，率先在国内开展各种复杂畸形的新术式，包括杂交手术，使手术质量明显提高，简单先心病坚持规范化、微创化治疗，对于房间隔缺损有着丰富的诊疗经验。
第二名：首都医科大学附属北京安贞医院-心脏外科中心
首都医科大学附属北京安贞医院心脏外科中心，由我国心胸外科界泰斗吴英恺院士创建，已经成为我国最大的心脏外科中心之一，在冠心病、重症瓣膜病、大血管病、复杂先天性心脏病（如房间隔缺损等）的外科手术治疗方面居国内领先地位，达世界先进水平，同时心脏手术量稳居国内综合性医院首位。
第三名：复旦大学附属中山医院-心外科
复旦大学附属中山医院心外科是我国心血管外科的的创始基地之一，是国内首批硕、博士授予点。现为国家重点学科、国家临床重点专科、上海市重点学科、上海市心血管病临床医学中心等。科室是国内专科综合排名前三、中国医学院校科技量值（STEM）排名前二、华东排名第一的中国最顶尖心脏外科中心。科室根据最具优势的专业特色设立“心脏瓣膜外科”、“冠脉外科”、“晚期心脏病外科”等六个亚专科，对于房间隔缺损有着丰富的诊疗经验。
第四名：华中科技大学同济医学院附属协和医院-心血管外科
华中科技大学附属协和医院心血管外科，是国内最大的集医疗、教学、科研于一体的心脏大血管外科中心之一，综合实力位居国内领先行列。心血管外科还是国务院首批硕士、博士学位授予单位、卫生部首批专科医师培训基地、教育部“211”“985”工程建设单位、国家“863”项目和“973”研究承担单位、中部医疗中心。2011年以全国排名前五的优异成绩被评为卫生部首批国家临床重点专科，在房间隔缺损的治疗处于领先地位。
第五名：广东省人民医院-心外科
广东省人民医院心外科是中国心外科事业的开拓者之一，目前已发展成为中国南方最大的心血管疾病治疗中心，在国内心血管疾病治疗领域享有很高的声誉和地位，是世界卫生组织（WHO）在中国唯一的心血管培训与研究合作中心。科室为广东省医学重点专科，国家临床重点专科建设项目，在房间隔缺损手术、重症心脏瓣膜手术、腔镜迷宫手术、不停跳搭桥、胸主动脉瘤切除人工血管置换及杂交手术，复杂先天性心脏病和婴幼儿重症先天性心脏病的综合防治方面均保持国内甚至国际领先水平。
第六名：空军军医大学西京医院-心脏大血管外科
空军军医大学西京医院心脏大血管外科现已发展成为国内领先、国际知名的国家重点学科，全军心血管病研究所，长期保持手术量和技术创新国内领先地位，先后完成多项国际国内首创技术，形成了微创心脏外科和复杂重症危机心脏大血管疾病救治的鲜明学科特色。开设婴幼儿心脏外科、微创心脏外科、心脏瓣膜外科、心脏移植、冠心病及大血管外科等10个专业组，对房间隔缺损诊疗经验丰富。
第七名：四川大学华西医院-心脏大血管外科
四川大学华西医院心脏大血管外科是国内最早建立的心脏大血管外科中心之一，现已经发展成为国内规模较大的高水平心脏大血管外科临床、教学和科研基地，成为我国西部地区心脏大血管外科疾病的诊疗和研究中心。开展的心血管手术种类包括经心尖穿刺微创主动脉瓣膜置换（TAVR）、心脏移植、房间隔缺损手术、瓣膜成形术及置换术及其他心脏疾病的手术。
第八名：中山大学附属第一医院-心脏外科
中山大学附属第一医院心脏外科是中南地区最早开展普胸、体外循环心脏手术以及大血管手术的单位之一。科室临床、科研总体水平处于国内先进。2011年被评为国家临床重点专科。心脏外科整体实力雄厚，结构基本合理，人才梯度层次分明，医护比例合适，在房间隔缺损治疗方面有着先进的诊疗技术。
第九名：中南大学湘雅二医院-心血管外科
中南大学湘雅二医院心血管外科是我国最早开展深低温麻醉心内直视手术的单位，为国家临床重点建设学科、国家重点学科。该学科针对心血管疾病，开展了一系列基础与临床紧密结合的研究，在先心病、风心病、冠心病及大血管病等疾病的外科治疗方面，建立了完善的治疗体系，对房间隔缺损的治疗处于领先地位。
第十名：武汉亚洲心脏病医院-心外科
武汉亚洲心脏病医院心外科病种涵盖先心病（如房间隔缺损等）、瓣膜病、冠心病、大血管病、终末期心脏病等。作为国家临床重点专科建设项目，科内有两位专家获得我国心血管外科领域的最高奖项“金刀奖”，共成功完成各类简单、复杂的心脏外科手术7万余例，手术量连续18年位列全国前三位、湖北省首位。