玉山县中医院擅长的科室有肛肠科、骨科、中风科、康复科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、肛肠科
玉山县中医院肛肠科人才结构合理，技术实力雄厚。目前，玉山县中医院肛肠科已成为江西省临床重点建设专科，肛肠科坚持传统中医特色，注重中西结合，善于吸收运用现代诊疗技术，在以环状痔，高位多病灶肛周脓肿，高位复杂性肛瘘，肛周湿疹，直肠脱垂，直肠脓瘤、内痔、外痔、肛瘘等病种的治疗方面具有较高水平。
2、骨科
玉山县中医院骨科以玉山骨科名医、骨伤医院奠基人吴炳禄为首。继承中医传统的手法复位、小夹板固定、动静结合、内外用药的优势，并引进高、新、尖等医疗技术设备，开展断指再植术，血管、神经移植术，颈、胸、腰椎、全髋关节置换，关节镜下半月板，椎间孔镜下治疗椎间盘突出症、交叉韧带修复等多项高难度手术。
3、中风科
玉山县中医院中风科是医院重点品牌科室，以中西医结合诊治心、脑血管疾病为特色，呼吸、消化、血液、内分泌等疾病全面兼顾。拥有江西省省级重点专科-中风诊疗中心和设备先进的心脏导管室。科室人员曾均在上海、浙江、南昌等三甲医院进修学习，理论基础扎实，临床经验丰富。学科带头人罗树芳是省中西医结合学会神经科专业委员会委员。
4、康复科
玉山县中医院康复科，是江西省中医重点特色专科，首批江西热敏灸医院分院。是集医疗、康复、科研、教学于一体的中西医特色专科，专科专病特色优势明显。科室坚持以中医传统康复综合治疗模式为主，结合现代康复治疗，为每一个病人制定个体化康复治疗方案，开展特色技术有针灸、热敏灸、推拿、刮痧等治疗及开展康复评定、运动治疗、作业治疗、言语吞咽治疗等的现代康复治疗。