温州医院排名靠前的有温州医科大学附属第一医院、温州医科大学附属第二医院、温州市人民医院等。温州医科大学附属第一医院是浙江省首批通过三甲评审的四家综合性医院之一，在全国三级公立医院绩效考核中位列全国第24位。温州医科大学附属第二医院在2021年度中国医院科技量值综合排名75位，其中12个学科进入前50强。温州市人民医院是浙江省最早的西医医院之一，总专利数量已超过500项。
第一名：温州医科大学附属第一医院
温州医科大学附属第一医院是浙江省首批通过三甲评审的四家综合性医院之一。其普通外科、心血管介入等多个领域在国内颇具影响力。医院位列中国医院科技影响力排行榜（综合）第68位，27个学科入围全国学科科技影响力百强，在全国三级公立医院绩效考核中位列全国第24位。
第二名：温州医科大学附属第二医院
温州医科大学附属第二医院是一家三甲综合性医院。拥有国家临床重点专科、国家中医药管理局重点建设专科、省临床医学一流学科等，可全面为患者提供诊疗服务。2021年度中国医院科技量值综合排名75位，其中12个学科进入前50强，麻醉、儿科、骨科位列前20强。
第三名：温州市人民医院
温州市人民医院是浙江省最早的西医医院之一，既有突出的综合实力、又有鲜明的专科特色，在浙南闽北地区享有较高的知名度与美誉度。医院每年平均有百余项国家及省市级课题立项，年发表论文250余篇（其中SCI 30余篇），每年获批专利100余项，总专利数量已超过500项。
第四名：温州市中西医结合医院
温州市中西医结合医院连续三年获评市直属医疗卫生健康单位考绩优秀单位。新生儿科承担浙南部分地区新生儿疾病及危重症的主要诊治任务，诊疗水平在省内系统处于先进水平；眼科设有“省级干眼示范指导中心”（省内仅两家），治疗技术全市领先。
第五名：温州医科大学附属眼视光医院
温州医科大学附属眼视光医院是目前浙江省唯一一家三级甲等眼科专科医院，2009年获评全国医药卫生系统先进集体，稳居2020年度复旦版中国医院专科综合排行榜（眼科）全国第一方阵。2021年度国家三级公立医院绩效考核位列眼科专科医院第1，连续4年获评专科医院最高A等级。
第六名：温州市中医院
温州市中医院承担浙南地区中医医疗、教学、科研、培训、养生、保健等任务，具有较高的学术水平和良好的社会声誉。医院学科地区辐射性强，现有国家级重点专科4个，省中医重点学(专)科9个，市级重点学科群4个，市级重点学科8个，保持了在地区中医药发展建设中的领先地位。
第七名：温州市中心医院
温州市中心医院，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的三级甲等综合性医院，神经病学、结核病学和肾脏病学三个专科成功跻身2020年度中国科技量值百强榜，刷新市属综合医院成绩单。拥有神经病学、肿瘤放疗科等2个省市共建重点学科。
第八名：瑞安市人民医院
瑞安市人民医院是瑞安地区规模最大的集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的大型综合性三级甲等医院。拥有省医学重点学科1个，省区域专病中心建设学科1个，省县级医院龙头学科4个，温州市医学重点学科群4个，温州市医学重点学科10个；胸痛中心、房颤中心、心衰中心等3个中心通过国家认证，卒中中心通过省级认证，在2019-2020年连续两年全国三级医院公立医院绩效考核中位于A序列。
第九名：温州康宁医院
温州康宁医院构建了完善的临床心理和社会心理服务体系，全国首创儿童青少年心理服务日间中心（厌学、茧居诊疗）和儿童发育行为中心（孤独症、多动症诊疗），形成了从门诊到日间管理再到病房直至回归家庭及校园的儿童青少年心理服务体系。临床心理科、行为医学科是浙江省临床特色学科。
第十名：瑞安市人民医院妇幼分院
瑞安市人民医院妇幼分院是中国宫颈癌防治工程定点医院，卫生部妇幼保健与社区卫生司新生儿健康促进合作项目基地，是一所妇女儿童医疗保健专科医院。近三年共立课题31项，浙江省卫生厅1项，温州市科技局10项，温州市卫生局3项，瑞安市科技局17项，结题18项，获瑞安市科技进步奖二等奖1人，瑞安市自然科学学术奖三等奖2人。