重庆儿科医院排名靠前的是重庆医科大学附属儿童医院儿内科、陆军军医大学第一附属医院儿科、陆军军医大学新桥医院儿科等，重庆医科大学附属儿童医院儿内科2021年位列复旦版全国专科综合排名第3，2022年、2023年分别获评复旦版全国专科声誉排名第3、第4，由临床经验丰富的主治医师以上职称医务人员组成，在单纯性肾病、过敏性紫癜肾炎等疾病诊治上优势显著；陆军军医大学第一附属医院儿科1929年由国内著名儿科专家陈翠珍教授组建，是博士学位授予权学科，危重症新生儿及危重儿童救治水平达国内领先；陆军军医大学新桥医院儿科始建于1954年，是重庆市儿童脑病研究中心，在发育期脑损伤早期识别与干预领域特色突出。
1、重庆医科大学附属儿童医院 儿内科
该科室是国内儿内科领域的顶尖学科，学科排名稳居全国第一梯队，2021年获复旦版全国专科综合排名第3，2022年、2023年分别位列复旦版全国专科声誉排名第3、第4，科室医务人员均为主治医师以上职称，临床经验丰富，可规范开展儿内科全品类常见病、多发病的诊治工作，尤其在单纯性肾病、过敏性紫癜肾炎、消化不良、上消化道出血、腹泻、感冒、支气管炎、肺炎等疾病的诊疗上具有显著优势，是重庆及西南地区儿内科疑难重症诊治的核心依托科室。
2、陆军军医大学第一附属医院 儿科
该科室于1929年由国内著名儿科专家陈翠珍教授组建，历经90余年发展，是集医疗、教学、科研于一体的特色科室，现为博士学位授予权学科、全军计划生育优生优育技术中心、重庆市卫健委新生儿危重症转运中心。科室先后选派骨干赴美国、加拿大、意大利等国内外知名医院进修；编制床位94张，年收治病人约4400余人次，年门急诊量达17万人次，科室危重症新生儿救治水平达国内领先，曾诊断世界首例Semaphorin7A基因突变胆汁淤积患儿；近5年获国家自然基金等多项课题资助，发表SCI论文20余篇。
3、陆军军医大学新桥医院 儿科
该科室始建于1954年，1984年被国务院批准为儿科硕士学位授权点学科，2007年挂牌“重庆市儿童脑病研究中心”。科室配备婴儿呼吸机、多导睡眠脑电图等先进设备，在发育期脑损伤干预、高危新生儿救治、儿童神经系统疾病诊治、儿童危重疾病救治等领域居国内先进水平，重危抢救成功率达98.8%，曾参与全国首例“双头女婴”等罕见病例救治。近年科室获各级课题20余项，发表论著70余篇，出版专著4部，承担国家级继续教育培训项目5次，举办育婴师培训班近30期。
4、重庆大坪医院 儿科
该科室是全国新生儿专科医师规范化培训基地、全军新生儿危重病研究创新基地、重庆市危重新生儿救治中心，为博士学位授予学科，由我国著名儿科专家沈际皋教授于1960年组建。科室设有新生儿重症监护病房、儿童重症监护病房及普通儿科病房，24小时开设门急诊，危重新生儿救治达国内领先、国际先进水平，在全国率先开展新生儿血浆置换与体表起搏技术，连续3年实现危重新生儿零死亡；近5年主持国家级及省部级科研项目10余项，获批经费约400余万元，制定行业标准和国家指南4项，获发明专利9件、实用新型专利15件。
5、重庆市人民医院 儿科
该科室服务覆盖0-14岁全年龄段儿童，是重庆地区综合医院中诊疗覆盖范围较全面的儿科临床科室。科室诊疗范围涵盖九大系统儿科疾病，包括支气管炎、肺炎等呼吸系统疾病，腹泻、消化不良等消化系统疾病，支气管哮喘、川崎病、过敏性紫癜等免疫变态反应疾病，病毒性心肌炎等心血管疾病，手足口病、水痘等感染性疾病，癫痫、高热惊厥等神经系统疾病，矮小症、性早熟、营养不良等营养保健类疾病，肾炎、尿路感染等泌尿系统疾病，以及营养性贫血、原发性血小板减少性紫癜等血液系统疾病，可满足区域内儿童常见病、多发病的诊疗需求。
