本溪市中心医院擅长眼科、皮肤科、内分泌科、风湿免疫科、消化内科等。
1、眼科
本溪市中心医院眼科承担着全市眼科急危重症的抢救任务，是国家级眼科住院医师规范化培训基地，本溪市眼科质控中心定点单位，是本溪市重点学科。科室拥有世界一流的检查诊断治疗设备，设有独立层流手术室，在省内居于领先地位。复杂白内障青光眼联和复明手术是眼科的特色；眼底及YAG激光、眼部泪道及眼部整形已成常规手术；新生儿眼底筛查居省内领先。
2、皮肤科
本溪市中心医院皮肤科负责本溪及周边地区皮肤病及性传播疾病的诊疗工作，是本溪地区唯一设有皮肤科急诊的科室。诊疗范围包括皮肤科各种常见疾病、疑难重症及性传播疾病的诊治，是本溪市艾滋病指定咨询机构及省级化妆品不良反应监测哨点单位。
3、内分泌科
本溪市中心医院内分泌科由内分泌代谢门诊和内分泌病区组成，还设立了百万紫臣资金救助贫困糖尿病儿童项目。作为国家标准化代谢病管理中心MMC本溪区域中心，通过线上线下、院内院外数据互联，为患者提供疾病规范诊疗、生活方式干预的全程全生命周期管理服务，可一站式完成代谢病患者标准化诊疗、患教、疾病管理等，且检查报告和数据与全国各代谢中心互认。
4、风湿免疫科
本溪市中心医院风湿免疫科对风湿科常见疾病，如类风湿性关节炎、干燥综合征、系统性红斑狼疮、骨关节炎等疾病的治疗有着丰富的临床经验，并可熟练掌握风湿领域疑难重症的治疗，如系统性红斑狼疮多系统受累、复杂难治性类风湿、系统性硬化症等。目前，科室在全省风湿病诊疗中处于较高地位。
5、消化内科
本溪市中心医院消化内科是由内镜中心、消化内科门诊、消化内科病区组成的综合性科室，担负该市大部分消化系急重症疾病的诊治工作。率先开展了ERCP技术（内镜下逆行胰胆管造影术）。科室每年完成胃肠镜检查10000余例，内镜下各种治疗上千例，逐渐使消化内科诊治技术由无创走向微创，在本溪市处于领先地位。