安徽省立医院擅长风湿免疫科、普外科、小儿内科、小儿普外科、检验科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、风湿免疫科
是安徽省成立最早的风湿病学专科。目前是拥有风湿免疫研究室及骨关节病研究室、国家风湿免疫药物试验机构、关节B超室的安徽省临床医学重点发展学科。
2、普外科
是安徽省亚专科设立最早、最规范、最成熟、影响力最大、治疗病种最全、医疗水平与科研实力最强的普外科。分为肝脏、血管、胆胰、胃肠、甲乳、疝共六个亚专科，多个亚专科开展的技术在省内居于领先水平。
3、小儿内科
是集医疗、科研、教学于一体的儿科医学基地，在小儿呼吸、血液、新生儿、危重症医学等水平处于全省领先水平，部分技术处于国内先进水平。
4、小儿普外科
是安徽省医学会小儿外科学会分会主委单位，是安徽省三级甲等综合性医院中最早开设的儿外专业学科，为安徽省第三周期临床特色专科。是本省及周边地区小儿外科疑难、重症疾病的诊疗中心之一。
5、检验科
是国家临床检验研究中心分中心，安徽省检验专业唯一的安徽省“十二五”临床重点专科建设项目优选发展学科和中国科大附一院“高原”学科，是一个面向全省，集医、教、研为一体的全方位综合性实验中心。