华中科技大学同济医学院附属协和医院擅长的科室有心血管外科、整形外科、血液科、耳鼻喉头颈科以及内分泌科，均是临床重点专科，患者可根据自身的具体情况选择合适的科室就诊。
1、心血管外科
是国内最大的集医疗、教学、科研于一体的心脏大血管外科中心之一，综合实力位居国内领先行列。婴幼儿重症先心病及主动脉夹层外科治疗效果迈入国际先进水平。心脏移植术不仅手术量全国第一，而且近远期存活率达国际先进水平。
2、整形外科
是我国最早成立的整形美容外科专业机构之一，国家临床重点专科，获复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》全国第5，专科综合实力一直稳居华中第一。业务范围涵盖修复再造、美容整形、激光治疗、注射美容四大方向，可以提供更好的诊疗项目。
3、血液科
是全国少数几个最早设置的血液病学专科之一，也是中西南地区规模最大、设施最全的血液病诊治中心之一。近年在血液专科各类排名中稳居全国五、六位，为中西南地区的血液重症疑难病救治中心。
4、耳鼻喉头颈外科
是我国最早成立的专业学科之一，现有“耳显微及耳神经侧颅底外科”、“耳内科”等6个三级学科，为患者提供更全面的诊疗复位。学科综合实力稳居全国一流，在国内外学术界享有较高的知名度。
5、内分泌科
科室诊治病种涵盖内分泌代谢性疾病各个领域，其中糖尿病、甲状腺疾病、骨质疏松症等常见内分泌疾病及各种内分泌急危重症诊疗达到国际先进水平，综合实力在华中地区首屈一指。
除上述科室外，医院的麻醉科、核医学科、超声医学科、临床药学科均有过硬的专业技术，科室医生团队专业，拥有高超的诊疗水平。