复旦大学附属儿科医院擅长小儿内科、小儿普外科、新生儿科、内分泌遗传代谢科、重症医学科。这5个科室均为国家及地区临床重点专科，患者可根据自身情况就诊。
1、小儿内科
是国家儿童医学中心、全国儿科学重点学科，医院学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，拥有一批国家级重点学科和平台。在小儿的呼吸系统疾病、消化系统疾病、泌尿系统疾病等疾病诊治处于国内领先、国际先进水平。
2、小儿普外科
连续十年荣获全国最佳医院和复旦专科声誉排行榜的第二名。作为率先在国内开展小儿肝移植手术的科室，总体生存率超过90%；科室在门静脉海绵样变、门静脉畸形的手术综合治疗等方面均处于国内领先水平。
3、新生儿科
是我国最大的新生儿医疗中心，以危重病例、疑难病例、早产儿、先天性疾病为主，住院新生儿病死率明显下降，极低出生体重儿存活率达到世界先进水平。每天开设新生儿专科急诊和新生儿随访门诊。
4、内分泌遗传代谢科
通过与院内多个科室的协作，在国内儿科率先成立了性别认同障碍多学科门诊，为性腺发育不良、性别认同障碍等疾病的临床问题提供内分泌-心理-社工-泌尿外科为一体的综合服务，取得了显著的社会效益。
5、重症医学科
是卫生部临床重点专科，拥有国内领先的硬件建设，可满足各类外科监护、重大创伤急救、多脏器功能衰竭救治和脏器移植监护，是国内唯一一家能够进行肾脏替代、人工肝替代、心肺体外循环的单位。