哈尔滨市胸科医院擅长的科室有肿瘤科、呼吸科、结核内科等。
1、肿瘤科
哈尔滨市胸科医院肿瘤科，是专业治疗胸部恶性肿瘤的特色科室。设备先进，拥有德国原装西门子PrimusE型直线电子加速器、西门子SOMATOMSpirit CT定位机等。擅长运用先进的综合治疗技术治疗肺癌、恶性胸腔积液、乳腺癌、食管癌、肝癌、肠癌，及全身其它部位恶性肿瘤，尤其对肺癌的个体化治疗、恶性胸腹腔积液及恶性心包积液的治疗卓有建树，处于省内领先地位。
2、呼吸科
哈尔滨市胸科医院呼吸科，常规诊断、治疗呼吸系统常见病、多发病，包括间质性肺疾病、结节病、支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病等。同时对慢性支气管炎、支气管扩张症、支气管哮喘等疾病的诊断及治疗均处于省内领先水平。呼吸科系实行规范化流程诊治，整体化护理，各科室均备有无创呼吸机、监护仪、微波治疗仪、雾化机等先进医疗设备。
3、结核内科
哈尔滨市胸科医院结核内科，是哈尔滨市市级重点学科，率先在国内将学科细划为8个病区：糖尿病结核病区、胸膜炎结核病区、脑膜炎结核病区、老年结核病区、支气管内膜结核病区、耐药结核病区及结核病介入治疗病区、儿童结核病区，各病区特色治疗，均达到国内先进治疗水平。