青岛市中心医院擅长的科室有呼吸与危重症医学科、心内科、消化内科、儿科、脑外科等。
1、呼吸与危重症医学科
青岛市中心医院呼吸与危重症医学科是国家PCCM规范化建设三级医院优秀单位，呼吸病学专科科技量值（STEM）连续4年全国百强。学科建制完整，设有研究所、病房、重症监护室、门诊（专家、专病、普通）、综合诊疗室、呼吸内镜室、肺功能室、睡眠监测室。在感染、慢阻肺、支气管哮喘、肺间质纤维化、胸膜疾病及睡眠呼吸障碍的诊治，尤其在内科危重症病人的救治方面达到国内先进水平。
2、心内科
青岛市中心医院心内科配有大型心血管造影机、中央监护及遥测心电监护系统、三维心脏超声等设备。全面开展对各种心血管疾病的诊断治疗和科研工作。设有冠心病、心律失常、心力衰竭、高血压及血脂异常、心脏康复专业组。是省内较早开展冠心病冠脉内支架介入治疗的单位之一，开展了冠脉内血管超声检查和冠脉旋磨术，冠心病介入治疗病例的复杂程度和治疗效果居国内先进水平。
3、消化内科
青岛市中心医院消化内科是中华医学生物免疫学会常务委员单位，科室服务范围以消化道常见病、消化道肿瘤及消化内镜诊疗为主，开展了消化道肿瘤的微创治疗和生物免疫治疗。配备目前最先进的全套进口电子超声内镜、蓝极光放大胃镜等诊断和治疗设备。在各种消化道肿瘤的内镜下微创治疗、介入及生物免疫治疗治疗；胆胰管结石的内镜下取石，梗阻性黄疸的内镜下支架治疗等方面取得了良好的效果，跻身国内先进行列。
4、儿科
青岛市中心医院儿科主要承担儿内科、新生儿科的医疗、护理、教学、科研任务，辖区儿童保健任务。科室每年门诊量约6000人次，住院约500人次。儿科对儿童在呼吸、循环、消化、神经、新生儿抢救等各系统疾病形成了一套规范、科学的诊疗方案，尤其对小儿重症肺炎；心肌炎、酸中毒及电解质紊乱；各种小儿惊厥、脑炎、癫痫等疾病及各种中毒的抢救等方面摸索出了有自己特色的抢救措施。
5、脑外科
青岛市中心医院脑外科是山东省脑外科学会委员。拥有高分辨率核磁核磁共振、CT、数字减影机等大型设备。脑外科设备齐全，人才济济，技术力量雄厚。近年来，脑外科已经走上了以现代脑立体定向、显微脑外科手术、神经血管内介入技术等的微侵袭技术为特色的高技术、快速发展的道路。以微创技术为特色，治疗脑肿瘤、脑血管病、脑外伤、脑出血、脑脓肿、脑积水等疾病。