北京小儿消化科医院排名靠前的是首都医科大学附属北京儿童医院、北京大学第一医院、首都儿科研究所附属儿童医院。
首都医科大学附属北京儿童医院是国内儿科消化领域标杆，消化内镜技术居全国儿科前列，疑难病诊治与亚专科建设体系完善。首都儿科研究所附属儿童医院对儿科消化罕见病诊治经验丰富，消化功能检查与内镜微创诊疗技术全覆盖。北京大学第一医院儿科是我国现代儿科发源地，小儿外科消化相关先天畸形微创治疗达国际领先。
1.首都医科大学附属北京儿童医院 消化科
首都医科大学附属北京儿童医院消化科集医教研于一体，亚专科齐全，以儿童消化系统疑难病诊治为核心，炎症性肠病、急性肝衰竭、重症胰腺炎诊治为特色优势。可完成新生儿胃肠镜、POEM、ERCP等全品类内镜检查与高难度治疗，为全国儿科内镜培训基地。
作为博士及博士后培训基地，主持国家重点专项等多项课题，参编《儿科学》等国家级规划教材，临床与科研成果获国内外消化界高度认可。
2.北京大学第一医院 儿科
我国现代儿科发源地，儿内儿外双强并均达国内顶尖水平，连续获评国家重点学科。儿内科消化依托重症、营养等专科优势，可协同处理消化相关多系统复杂并发症；小儿外科为中国首个小儿外科，李龙教授团队在胆总管囊肿、巨结肠等消化相关先天畸形的腹腔镜微创治疗上达国际领先。
旗下北京市唯一胎儿医学中心，可实现消化相关先天疾病产前诊断与产后一站式手术治疗，多学科协作诊疗体系成熟。
3.首都儿科研究所附属儿童医院 消化内科
集专科病房、内镜室、消化功能检查室于一体，人才梯队完善，对儿科消化常见病、罕见病均有丰富诊治经验，成功抢救消化道大出血、肝功能衰竭等急危重症，开设炎症性肠病、肝病等多个专病门诊。可完成新生儿至青少年全年龄段消化内镜检查，开展高分辨率食道测压、生物反馈治疗等特色项目。
4.北京协和医院 儿科
该科是中国现代儿科的发祥地，依托协和医院全国疑难重症诊治指导中心的综合优势，在儿科消化相关疑难病、诊治上享誉国内。七大专业组协同诊疗，可依托医院多学科顶尖资源，为消化合并心血管、免疫、遗传等多系统病变的患儿提供精准的联合诊疗，始终保持儿科消化疑难病诊治的行业高水平，医疗与科研成果丰硕。
5.中国人民解放军总医院 小儿内科
隶属301儿童医学中心，为南开大学儿科学博硕及博士后培养点，设儿童常见病专科消化方向，实现儿童消化常见病规范化诊疗。依托科室血液肿瘤、神经康复等特色专科优势，可高效协同处理消化合并血液、神经等系统病变的复杂病例，同时注重儿童营养与消化疾病的联合管理。
科研实力强劲，承担国家863计划、国家自然科学基金等多项课题，临床诊疗与科研转化能力突出。
