南京胃肠外科医院排名比较靠前的是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院。
南京医科大学第一附属医院普通外科为国家临床重点专科，胃肠微创与胰腺外科技术国内领先。南京鼓楼医院胃肠外科是国家临床重点专科，机器人与腹腔镜胃肠肿瘤手术水平全国前列。东南大学附属中大医院普通外科为江苏省临床重点专科，胃肠微创技术实力突出。
1.南京医科大学第一附属医院 普通外科
南京医科大学第一附属医院普通外科是国家临床重点专科、博士后流动站，为英国爱丁堡皇家外科学院培训基地。学科在胃癌、结直肠癌根治、胰腺外科、代谢外科等领域技术国内领先，多项原创术式国内首创并推广，腹腔镜胃癌、肠癌根治术及减重手术量位居全国前列。常规开展MDT诊疗，承担多项国家级课题，获国家科技进步奖等60余项奖励，学术影响力辐射全国。
2.南京鼓楼医院 胃肠外科
南京鼓楼医院胃肠外科是国家重点学科、国家临床重点专科，分结直肠外科、胃与疝外科两大亚专科。结直肠外科微创及机器人年手术量居全国前列，超低位直肠癌保肛技术特色鲜明。胃与疝外科规范化开展胃癌根治、腹壁疝微创修补，学科带头人担任多项省级学会重要职务，临床与科研水平国内领先。
3.东南大学附属中大医院 普通外科
东南大学附属中大医院普通外科为江苏省临床重点专科、东南大学微创外科研究所依托单位。科室胃肠外科常规开展胃癌、结直肠癌根治及各类腹腔镜微创手术，技术成熟规范。学科曾获多项国家及省部级科技进步奖，承担国家自然科学基金等课题，与国际多家知名医院建立合作，在微创外科领域享有良好声誉。
4.东部战区总医院 普通外科
东部战区总医院普通外科是国家及江苏省重点学科，拥有院士领衔的高水平团队，在胃肠外科、肠瘘、重症康复、营养支持等领域国内顶尖。学科以临床创新与基础研究并重，获国家科技进步奖、教育部科技进步一等奖等多项高等级奖项，为博士及博士后培养单位，是国内胃肠外科疑难危重病例救治的重要中心。
5.南京市第一医院 普外科
南京市第一医院普外科是江苏省重点专科、南京医科大学博硕士培养点，胃肠外科为核心优势亚专科。科室对腹腔镜微创技术普及，结合快速康复理念显著提升治疗效果。科室在结直肠肿瘤、疝外科、肛门盆底疾病微创治疗上特色鲜明，设备先进，技术水平省内先进。
