中国人民解放军总医院海南分院擅长的科室有眼科、普外科、皮肤科、妇产科、神经内科等。
1、眼科
中国人民解放军总医院海南分院眼科在复杂眼外伤的救治方面在国内处于领先地位，擅长眼球破裂伤、眼球穿通伤、外伤性脉络膜脱离等，是国内最早开展玻璃体视网膜手术的单位之一，在复杂性视网膜脱离、孔源性视网膜脱离、增生性糖尿病视网膜病变、脉络膜脱离、视网膜巨大裂孔、黄斑前膜及黄斑裂孔等研究及治疗方面处国内领先地位。
2、普外科
中国人民解放军总医院海南分院普外科以微创手术为核心，联合化疗、生物治疗、中医药治疗等治疗胃肠道恶性肿瘤，可明显提高患者的治疗效果。同时擅长腹腔镜与机器人微创技术治疗胃癌及结肠癌，其技术居国内领先，可明显提高恶性肿瘤患者的生存率。
3、皮肤科
中国人民解放军总医院海南分院皮肤科是专门从事皮肤病、性病和皮肤美容的诊疗、教学和科研单位，在长期的临床实践中积累了丰富的经验，具有很高的诊治水平。尤其在抢救严重大疱性表皮松解坏死型药疹及其它危重皮肤病方面，有很丰富的临床经验，抢救成功率达95%以上，使多名已濒临死亡的患者得到生还。
4、妇产科
中国人民解放军总医院海南分院妇产科，妇科微创手术是该科最大特色之一，其中经阴道手术及腹腔镜手术是两大亮点，手术水平在全军乃至全国处于领先地位。此外，该院产科是WHO以及国家卫生部授予的首批“爱婴医院”，是全军唯一具有产前诊断资质的医院，是北京市产科危急重症转诊中心。
5、神经内科
中国人民解放军总医院海南分院神经内科是以临床为核心和重点，集科研、教学和保健于一体的二级学科，包括医学心理学亚专科。诊治范围包括神经危重症、中枢神经系统感染性疾病、神经系统脱髓鞘疾病、周围神经病、神经肌肉接头和肌肉病等。
