儿童矮小医院比较好的是复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院、重庆医科大学附属儿童医院，复旦大学附属儿科医院内分泌遗传代谢科在儿童内分泌等疾病的急诊处理和治疗方面也建立了系统化的临床诊治方案，具有诊断技术多样、方法先进特征。首都医科大学附属北京儿童医院内分泌遗传代谢科为全国开设儿科内分泌亚专科门诊最齐全的医院；重庆医科大学附属儿童医院内分泌科是全国知名的集医疗、教学、科研为一体的儿童内分泌遗传代谢诊治中心。
第一名：复旦大学附属儿科医院-内分泌遗传代谢科
复旦大学附属儿科医院内分泌遗传代谢科，分别开设有内分泌、遗传代谢、少女妇科三个系列的专科、专家、高级专家和特需服务门诊。在矮小症、发育迟缓、糖尿病、肥胖等方面具有丰富的经验；在罕见病、遗传代谢病方面如普拉德.威利综合征、有机酸血症、脂肪酸代谢障碍等疾病的急诊处理和治疗方面也建立了系统化的临床诊治方案，具有诊断技术多样、方法先进特征，是我国多个行业临床诊治共识的撰写单位。
第二名：首都医科大学附属北京儿童医院-内分泌遗传代谢科
首都医科大学附属北京儿童医院内分泌遗传代谢科，率先通过了全国第一批GCP基地认证，成为全国开设儿科内分泌亚专科门诊最齐全的医院。科研项目包括国家自然基金、国家“十一五”支撑计划、北京市自然科学基金、首都医学发展基金、荷兰营养基金会项目、卫生部基金及首都医科大学基础-临床合作课题等项目。仅近5年在核心期刊及SCI期刊发表专业论文100余篇。获得科技成果奖项1项，致力于矮小症、肥胖症等的诊治。
第三名：重庆医科大学附属儿童医院-内分泌科
重庆医科大学附属儿童医院内分泌科，目前是全国知名的集医疗、教学、科研为一体的儿童内分泌遗传代谢诊治中心，国家卫生健康委能力建设和继续教育中心的首批儿童生长发育专项能力提升项目培训基地。配套核医学科、临检中心、分子医学中心、双能X线骨密度、放射科及超声检验和检查平台，开展儿童内分泌遗传代谢常规激素及遗传代谢相关检查，进行各种内分泌激发试验评估内分泌功能，在矮小症的综合治疗方面具有优势。
第四名：浙江大学医学院附属儿童医院-内分泌科
浙江大学医学院附属儿童医院内分泌科，除了收治矮小症等内分泌疾病外，还收治儿内科普通疾病和疑难杂症。近5年承担自然科学基金、国际合作重点科研项目、青年人才基金、省部共建科研项目以及省科技厅、卫生厅、教育厅和计划生育等研究项目多项，总科研经费达200多万；获浙江省医药卫生创新一等奖和二等奖各一项，浙江省科技进步二等奖一项。在国内外发表论文百余篇，其中SCI收录论文逾30篇；主编出版书籍2本、参编书籍8本。
第五名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-内分泌代谢科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心内分泌代谢科，致力于提高内分泌遗传代谢病的实验室诊断技术，开展了多项内分泌疾病的基因检测项目。科室长期与美国波士顿儿童医院内分泌遗传代谢团队保持着密切的交流和合作关系。擅长矮小症、发育迟缓等儿童内分泌疾病。