深圳消化内科医院排名比较靠前的是深圳市人民医院、深圳市第三人民医院、北京大学深圳医院。
深圳市人民医院消化内科是省临床重点专科，内镜微创技术国内先进，科研实力突出。深圳市第三人民医院消化内科疑难肝胆胰内镜诊疗省内知名，率先开展粪菌移植。北京大学深圳医院消化内科IBD诊治深圳领先，内镜诊疗量全市第一。
1.深圳市人民医院 消化内科
深圳市人民医院消化内科是广东省临床重点专科、国家消化系疾病临床医学研究中心分中心，也是深圳市消化内科质量控制中心。内镜微创治疗达国内先进水平，首创软式内镜腹腔探查术，多项内镜技术深圳率先开展，消化道早癌筛查及炎症性肠病综合诊治特色鲜明。获国家自然科学基金5项，发表多篇高分SCI论文，获多项省部级科技进步奖。
2.深圳市第三人民医院 消化内科
深圳市第三人民医院消化内科以疑难重症消化疾病诊治为特色，疑难复杂肝胆胰疾病内镜治疗省内及全国知名。学科带头人填补深圳超声内镜诊疗多项空白，科室实施深圳首例粪菌移植并广泛应用于肠道菌群紊乱相关疾病，可开展所有内镜下各级手术，整合医学诊疗模式成熟。
3.北京大学深圳医院 消化内科
北京大学深圳医院消化内科是国家级炎症性肠病诊疗区域中心，IBD诊治水平深圳领先，年内镜诊治数量位列深圳第一。拥有深圳领先的内镜中心，率先成立深圳首家胃肠动力室，较早开展神经内分泌肿瘤诊治，亚专科体系完善。为多所高校硕士研究生培养点，连续多年获评医院优秀科室。
4.深圳市第二人民医院 消化内科
深圳市第二人民医院消化内科是卫生部消化内镜诊疗技术培训基地，在消化内镜微创治疗上经验丰富。常规开展国内所有消化内镜诊疗技术，尤其擅长ERCP、消化道出血及胆胰疾病内镜下治疗，对消化疑难危重症诊治水平较高，学术任职在省市及省级学会中位居重要地位。
5.中山大学附属第八医院 消化内科
中山大学附属第八医院消化内科是福田区重点专科，深圳最早开展小肠镜技术的学科，小肠疾病及炎症性肠病诊治特色突出。拥有完善内镜诊疗技术，MDT模式成熟，承担各级科研课题26项，其中国自然课题3项，发表论文近200篇，为中山大学研究生培养点。
