四川大学华西第二医院擅长妇科、小儿内科、不孕不育科、新生儿科、儿童重症医学科相关疾病的诊治，科室高端人才荟萃、技术实力雄厚、设备设施一流，患者可自行就诊。
1、妇科
是教育部重点学科，卫生部临床重点专科建设项目（妇科和产科），现能开展各种妇科恶性肿瘤的根治术和超根治术，开展各种途径的化疗，各种妇科恶性肿瘤的疗效居全国前列。对子宫内膜异位症、各种复杂生殖道畸形、女性生殖道感染等疾病的疗效显著。
2、小儿内科
是国家重点学科，拥有教育部重点实验室和目前我国儿科学唯一的教育部创新团队。是西部地区儿科疑难重症转诊收治中心，国家卫生健康委确定的云、贵、川、渝、藏儿童白血病和先天性心脏病区域性诊治中心。
3、不孕不育科
学科前身为华西医科大学计划生育研究室，目前科室主要从事人工授精、体外授精- 胚胎移植（IVF-ET）及其衍生技术，是四川省最早进行辅助生殖技术临床研究的医疗单位。科室开展多项辅助助孕技术，填补了四川省在辅助生殖技术领域的多项空白。
4、新生儿科
是四川省唯一的国家临床重点专科（新生儿科）。学科整体水平居全国领先，是目前西部地区设备最先进、医疗护理技术力量最雄厚的危急重症新生儿救治中心和转诊中心。科室开展新生儿神经、新生儿呼吸、新生儿临床药理、新生儿感染、新生儿营养等多个亚专业科学研究，科研成果丰硕。
5、儿童重症医学科
是国家卫健委部属儿童危重症建设单位，是四川地区规模最大、设备最先进、医疗护理技术力量最强的儿童危急重症救治中心和转诊中心。对小儿呼吸衰竭、心血管功能衰竭、肾功能衰竭、脑水肿颅内高压和多脏器功能衰竭的抢救成功率达到国内领先水平。
