南京中医免疫内科医院排名比较靠前的是江苏省中医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
江苏省中医院风湿病科是全国中医风湿领域顶尖专科，国医大师传承，综合实力与学术影响力位居全国前列。南京医科大学第一附属医院中医科是全国综合医院中医药示范单位，设风湿免疫专科，名医荟萃，疑难病诊疗实力突出。南京鼓楼医院中医科是江苏省中医重点专科与质控中心，骨关节、风湿类疾病针灸特色技术国内领先。
1.江苏省中医院 风湿病科
江苏省中医院风湿病科是国家中医药管理局重点专科与中医痹病学重点学科，国家药物临床试验机构，南京中医药大学硕博士点。学科源自国医大师周仲瑛等名家传承，拥有全国名老中医、省级名中医、国务院特殊津贴专家等高层次人才。
全国中医风湿专科综合实力排名前列，擅长类风湿关节炎、干燥综合征、强直性脊柱炎、系统性红斑狼疮等疑难重症，自研6种特色院内制剂，开展多项中医特色疗法。获中华中医药学会科技奖等多项奖励，牵头制定多项行业诊疗指南。
2.南京医科大学第一附属医院 中医科
南京医科大学第一附属医院中医科是首批全国综合医院中医药工作示范单位、国家药物临床试验机构中医消化专业，以中西医结合治疗疑难病症为特色，，学科带头人魏睦新教授是江苏省中医药领军人才。作为临床、教学、科研一体化学科，是南京医科大学重点学科、硕博培养点。
科室承担多项国家及国际合作科研课题，擅长免疫相关风湿免疫病的中西医结合诊治，依托综合医院优势，实现免疫紊乱的精准调理，在风湿免疫病并发症预防与控制方面技术水平突出。
3. 南京鼓楼医院 中医科
南京鼓楼医院中医科学科带头人徐天舒主任是江苏省名中医、博士生导师，在针药结合调节机体免疫、治疗免疫相关疾病领域造诣深厚。
科室形成针灸推拿、中医肿瘤等特色亚专科，擅长通过针药结合、麦粒灸等特色技术调节免疫功能，辅助治疗免疫相关肿瘤及慢性免疫性疾病，承担多项相关国家及省市级科研课题，获多项中医药科技进步奖，部分免疫调节相关技术达国内领先水平。
4. 东南大学附属中大医院 中医内科
东南大学附属中大医院中医内科专家在省中医药学会、中西医结合学会担任重要职务，曾主持或参与多项部省校院级免疫相关科研项目，发表多篇学术论文、参编多部专著。
科室擅长用中医或中西医结合方法调治免疫相关疾病，尤其在过敏性鼻炎（免疫紊乱相关）、肿瘤免疫调理、亚健康状态（免疫低下）等方面有独到经验，通过辨证施治调节机体免疫平衡，常年开展国际学术交流与留学生带教工作。
5. 南京市第一医院 中医科
南京市第一医院中医科集医疗、教学、科研于一体，下设中医科、针灸科，科室擅长“调脾胃，祛湿气”，通过“系统祛湿法”辨证施治，调节机体免疫功能，在免疫低下相关的功能性胃肠病、顽固性失眠、慢性咳嗽等病症诊治上经验丰富。
针灸科通过针刺、艾灸等特色技术刺激穴位，辅助调节免疫，擅长治疗免疫相关的面瘫、过敏性鼻炎（配合祛湿调理）等病症，每年开展“冬病夏治”三伏贴、三伏灸项目，针对性调理虚寒性免疫低下疾患，疗效显著，技术成熟、口碑良好。
