莆田三甲医院有莆田市第一医院、莆田学院附属医院、莆田95医院等。莆田市第一医院为国际紧急救援中心网络医院，进行的多项高难度治疗项目填补了市内空白，处于省内、国内先进水平。莆田学院附属医院已发展成为多个内镜诊治中心，是全国首批危险性上消化道出血救治区域中心等。莆田95医院拥有一批经验丰富的高中级职称技术人才，在多个创伤急救专科享有盛誉。
第一名：莆田市第一医院
莆田市第一医院，为国际紧急救援中心网络医院、中国初级保健基金会爱心医院、省道路交通事故伤员救治定点医院、福建省全科医学临床培训基地、福建省住院医师规范化培训基地、福建省乡镇卫生院临床医师能力培训基地。医院进行的腹股沟皮瓣阴道再造术、内窥镜下妇科手术、内窥镜下消化道息肉电切术等多项高难度治疗项目，部分技术填补了市内空白，处于省内、国内先进水平。
第二名：莆田学院附属医院
莆田学院附属医院是一所集医疗、教学、科研、急救、预防、康复、保健为一体的大型综合性三级甲等医院。医院的微创脊柱外科为福建省临床医学研究中心，拥有6个福建省重点专科，9个莆田市重点学科。医院目前能开展各种脏器大型手术及显微外科手术、微创手术、内窥镜及介入治疗等新技术，已发展成为多个内镜诊治中心，是第一批国家乳腺癌规范诊疗质量控制试点中心、全国首批危险性上消化道出血救治区域中心等。
第三名：解放军95医院
莆田95医院，是集医疗、预防、保健、教学、科研、康复为一体的现代化三级甲等综合性医院，是福建省道路交通事故急救及莆田市高速公路交通事故急救定点医院，莆田市职工医疗保险定点医院，第一军医大学教学医院，江西赣南医学院教学医院。医院拥有一批经验丰富的高中级职称技术人才，形成一批在闽中地区特色明显、技术领先专科专业，尤其是骨科、颅脑、烧伤等创伤急救专科享有盛誉。
第四名：莆田市儿童医院
莆田市儿童医院是莆田市唯一的一家儿童专科医院，是福建省儿童救护中心莆田市分中心。现开设有急诊科、小儿神经康复科、儿内一科、儿内二科、PICU、新生儿科/NICU、小儿外科、手术室、麻醉科、儿童眼科、儿童耳鼻喉科、儿童口腔科、皮肤科等临床科室，担负着全市儿童医疗、保健、急救、科研、教学等工作。
第五名：福建省仙游县医院
福建省仙游县医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健于一体、声誉兴化大地的二级甲等综合性医院，以严谨的医疗作风、精湛的医疗技术，成功地救治了许多疑难、危重病人。医院科室较多，设备齐全，可为广大患者提供优质医疗服务。
第六名：莆田市皮肤病防治院
莆田市皮肤病防治院是市卫生局直属卫生事业单位、承担全市皮肤病防治、康复业务工作任务，在省内较早开展皮肤美容专业技术工作，是该市目前唯一公立医疗美容机构。配备以色列飞顿辉煌360激光光子工作站、美国Candela Alex TriVantage调Q三波长色素治疗系统、美国科医人月光真空脱毛系、超声波导入仪等国际先进设备，居全省同专业中设备先进性和配套完整性前列。