保定市第二医院擅长心血管内科、神经内科、普外科、血管外科、口腔科等。这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心血管内科
保定市第二医院心血管内科是市级医学重点学科。该科具有雄厚的技术力量，多数医师经北京阜外医院、北大人民医院进修培训。该科与北京阜外医院、北京安贞医院、北大人民医院等知名心血管医院建立了长期协作关系，定期邀请知名心血管内科专家出门诊、做手术及病房查房。在冠心病、高血压病、风心病、先心病等，尤其是急性心梗、高血压危象、难治性心绞痛、顽固性心衰、顽固性心律失常等方面的诊疗水平居省内乃至国内前列。
2、神经内科
保定市第二医院神经内科现为保定市重点学科及重点专科。科室开展脑梗死静脉溶栓治疗多年，溶栓治疗处于该市前列，溶栓时间窗内的患者静脉溶栓率达80%，溶栓效果显著，最大程度降低了患者的致残率和致死率，大部分患者回归正常生活和工作。积极开展脑血管造影、急性脑梗死动脉溶栓、脑血管狭窄的支架及蛛网膜下腔出血的动脉瘤栓堵治疗，明显降低了脑血管病的致残率和致死率，使急性脑梗死、脑动脉瘤的治疗达到国内先进水平。
3、普外科
保定市第二医院普外科是市级医学重点学科，每年接诊10000余人，收治患者1000余人，抢救急危重症病人上百例，完成手术600—800例。多年来救治患者数万例，抢救数千例急危重症和疑难患者，完成了数千例高难度手术。技术水平受到广大患者的信任及同行的认可。综合指标名列全院前茅。高超的技术和优质服务受到省市多家媒体赞誉。技术水平在保定处于领先地位，达到省内、甚至国内先进水平。
4、血管外科
保定市第二医院血管外科是市级医学重点学科。近年来，先后开展了颈动脉支架植入和内膜剥脱术治疗颈动脉狭窄，腔静脉滤器保护下Angiojet机械血栓清除技术及接触性导管溶栓技术治疗急性肺动脉栓塞、下肢深静脉血栓及肠系膜动脉血栓，TurboHawk系统动脉内膜旋切、药涂球囊扩张等。
5、口腔科
保定市第二医院口腔科是市级医学重点学科，在保定市久享盛誉。口腔科的设备、规模、技术水平、人员结构在保定市一直居于省内领先水平。科室形成了显微根管治疗、微创拔牙、椅旁CAD-CAM即刻修复、口腔CBCT下引导牙槽外科种植、正畸种植支抗技术以及自锁托槽矫治技术等一系列精细化治疗程序，在保定地区具有明显优势的治疗项目。
