南昌大学第二附属医院擅长的科室有心内科、普胸外科、神经外科、心脏外科、甲状腺外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心内科
南昌大学第二附属医院心内科，已形成具有自身特色、学术风格，省内领先、国内颇具影响力的名牌学科。科室拥有实力雄厚的人才梯队。学术地位省内领先，国内先进，心律失常遗传学研究达国际先进水平，2021全球医院心血管研究论文影响力综合排名中位列69位，中国心血管病科技影响力连续九年入围全国前40名，江西省心血管病科技影响力连续九年第一。
2、普胸外科
南昌大学第二附属医院普胸外科作为江西省胸外科专业的发祥地，专科成为江西省第一批获得外科学（心胸外）博/硕士学位授予权的单位。普胸外科也是省内最早开展各类胸部手术的专科，在肺部疾病、气管外科、纵隔肿瘤等方面开展了大量的工作，尤其在胸腔镜微创治疗、难治性胸部肿瘤扩大根治术、胸部肿瘤规范化治疗和重症胸部创伤治疗等方面的临床和科研工作中取得了新的成绩，确立了学科在省内的领先地位。
3、神经外科
南昌大学二附院神经外科是江西省最早开展神经外科疾病医疗、教学和科研工作的专业科室。科室现已发展成为综合优势和整体医疗服务能力与医疗技术水平达到全国一流水平的专科中心，获批国家临床重点专科，是国家神经系统疾病区域医疗中心建设项目。科室拥有先进的临床诊断和治疗设备，能开展涵盖神经外科所有亚专业的手术及治疗。
4、心脏外科
南昌大学第二附属医院心脏外科是江西省心胸外科专业的发祥地。心脏外科病区专门收治需要手术或介入治疗的心脏疾病患者。近年来冠心病的冠脉搭桥术、心脏病的微创手术，大血管疾病外科及介入治疗，瓣膜成形术已列为常规性工作开展，并开展了心脏移植、左心室减容术，胸腹主动脉替换术等代表国际水平的高难度手术。
5、甲状腺外科
南昌大学第二附属医院甲状腺外科（普外），是江西省首家甲状腺外科专业科室，科室采用国际先进的甲状腺外科核心技术“甲状腺被膜解剖技术”，对甲状腺疾病患者采用标准化、规范化和个体化的治疗原则。对甲状腺机能亢进、甲状腺癌、甲状腺瘤、结节性甲状腺肿、甲状腺炎及喉返神经损伤的诊断和治疗有着丰富的临床经验，科室的治疗能力已达国际先进水平。
