吉林省胃肠科比较好的医院排名靠前的是吉林大学第一医院、吉林大学第二医院、吉林大学中日联谊医院等。吉林大学第一医院消化内科是卫生部内镜诊疗技术培训基地（吉林）消化科基地、胃肠动力研究中心暨培训基地等；吉林大学第二医院消化内科医疗设备齐全，其无痛结肠镜检查技术在省内处于领先地位；吉林大学中日联谊医院消化内科是卫生部重点学科，部分科研推动了慢性胃肠疾病诊断治疗技术的进步。
第一名：吉林大学第一医院-消化内科
吉林大学第一医院消化内科已发展成集医疗、科研、教学为一体、拥有博士学位授权的专业化学科，是卫生部内镜诊疗技术培训基地（吉林）消化科基地、吉林省临床药理基地、胃肠动力研究中心暨培训基地等，已开展急、慢性胃炎，功能性消化不良，胃食管反流病，消化性溃疡，胃肠肿瘤，肠易激综合征，炎症性肠病等胃肠道常见病、疑难病症的诊治。
第二名：吉林大学第二医院-消化内科
吉林大学第二医院消化内科，主要担负胃肠道疾病的诊断及治疗，配备有目前世界先进的电子胃镜、结肠镜、超声内镜、十二指肠镜及相关配套设备，其中，无痛胃镜及无痛结肠镜检查技术在省内处于领先地位。病房主要以收治胃肠道急、危、重症病人为主，如消化道出血、中重度溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠结核、腹水，良好的疗效获得了广大患者的好评。
第三名：吉林大学中日联谊医院-消化内科
吉林大学中日联谊医院消化内科是卫生部重点学科以及中日联谊医院重点学科，下设吉林省消化系病重点实验室，是博士、硕士研究生及博士后研究人员培养基地。近年来先后6次承担国家自然科学基金会项目，此外还多次承担卫生部及省科委项目，研究成果四次获省科技进步二等奖。学科注重科研成果转化，不断推动慢性肝胆胰及慢性胃肠疾病诊断治疗技术的进步，并逐步形成科室主要专业特色。
第四名：吉林省人民医院-消化内科
吉林省人民医院消化内科，是吉林省重点扶持科室，也是吉林省人民医院特色科室，开展了消化道出血（包括小肠出血）、各种原因引起的急慢性腹泻、功能性食管疾病、胃食管反流病、食管裂孔疝、Barrett食管、食管癌、急慢性胃炎、消化性溃疡、肝癌、胆道蛔虫、急慢性胆囊炎、胆总管结石、急性化脓性胆管炎、硬化性胆管炎、急慢性胰腺炎、各种原因引起的腹水、自发性腹膜炎、结核性腹膜炎等疾病的诊治。
第五名：吉林市中心医院-消化内科
吉林市中心医院消化内科分为消化内一科和消化内二科，目前已成为吉林地区主要学术专科、吉林市最大的消化内科疾病治疗中心、学术牵头单位之一。在临床工作中，对消化科的常见病，多发病以及疑难重症的诊治积累了较丰富的经验，已形成了一套系统的诊疗常规，多年来救治了大量危重疑难患者，以精湛技术和良好的医德赢得了病人的好评。
第六名：梅河口市中心医院-消化内科
梅河口市中心医院消化内科是内科系的重要科室，建科多年，肩负着呼吸系统、消化系统疾病的诊断及治疗和各种急慢性药物及物理中毒的抢救工作。消化内科专科特色是降级及背肌针治疗、肺血栓栓塞症的溶栓治疗、食道狭窄的镜下支架治疗、消化道出血的镜下止血治疗。
第七名：四平市中心人民医院-消化内科
四平市中心人民医院消化内科始建于1978年中心医院建院之初，是四平地区及邻近省区胃肠及肝胆胰疾病诊疗中心，为市级医学重点专科。配备目前最先进的全套日本奥林巴斯和富士能电子胃肠镜、十二指肠镜及图文分析系统等各种先进的内镜治疗设备。主要骨干先后在北京、上海和广州等地进行专业培训和进修，能胜任消化内科疾病的诊断和治疗工作。
第八名：北华大学附属医院-消化内科
北华大学附属医院消化内科为吉林省临床一级重点学科（消化方向）、吉林市重点建设专科，北华大学消化内科硕士学位授予点。拥有先进的富士4400内窥镜主机及配套电子胃镜等设备，并在市内最早引进胶囊内镜，现开展了三级甲等医院重点消化专科需开展的所有诊疗项目，部分项目处国内及省内领先水平，使很多疾病得到根本治疗。
第九名：吉林省一汽总医院-消化内科
吉林省一汽总医院消化内科是省级重点专科，已经建设成为综合实力较强，具有明显的学科特色，在省内有一定影响力的专科，也是本院重点发展和建设的重点学科。主要承担消化系统疾病的临床和内镜诊治及研究工作，特别是内镜诊疗技术的开展，扩大了科室影响，提升了医院的知名度，赢得同行的赞誉和病人的青睐，其中“无痛内镜技术的临床应用”、“门脉高压出血内镜治疗技术”等项目居国内领先地位
第十名：吉林省肝胆病医院-消化内科及舒缓疗区
吉林省肝胆病医院消化内科及舒缓疗区为长春市卫计委授予的先锋示范科室，党员先锋模范岗，科室于2016年4月，承办舒缓疗区，舒缓疗护病房收治确诊“恶性肿瘤、脑梗塞、脑出血”晚期（生存期在一个月内）已无治疗意义的市医保（包括200元的居民医保及低保）患者。为患者提供所有的基础护理项目，提供专业的止痛，缓解呼吸困难措施，让患者舒适，安详，尊严的走完生命的最后一程。