杭州市中医院擅长的科室有中医妇科、肾内科、推拿科、针灸康复科、脾胃病科（消化科）等。
1、中医妇科
杭州市中医院中医妇科，在国内牵头制定了胎动不安、滑胎病、恶阻的诊疗方案和临床路径。专科特色一、开展项目包括外周血及绒毛染色体检查；封闭抗体检查及淋巴细胞免疫治疗对反复自然流产进行免疫方面的病因诊断，；电子阴道镜检查；电子宫腔镜检查；精液全自动分析；不孕不育的中医治疗；反复自然流产的中医治疗；子宫肌瘤的中医治疗；月经失调的中医治疗；急慢性盆腔炎的治疗；IVF术前后的辅助治疗等。
2、肾内科
杭州市中医院肾内科，有透析机86台，配有全球先进的Lauer水处理系统，开展血液透析、血液滤过、血液灌流、血浆置换、连续肾脏替代治疗（CRRT）、腹水回输等多项技术，此外还进行药物治疗、营养调护，从而提高其生活质量，对于慢性肾衰合并多脏器功能衰竭以及严重的复合感染，尤其是血压、心功能不稳定的病人，进行连续性肾脏替代疗法，起到了药物无法代替的作用。除开展肾病常规检查外，还开展相关的抗体水平、细胞因子等的检测。
3、推拿科
杭州市中医院推拿科，是省内规模最大、影响较大，具有鲜明中医特色的科室。科室以祖国传统医学理论基础，结合现代医学，继承和发扬沪浙学派柔和深透的推拿手法，同时借鉴冯氏及龙氏的整复手法，特色中药自制制剂内服、外治并用进行临床诊疗。经过数十年的发展，逐步建立并完善了以临床为基础、以科技为先导的现代推拿临床医学模式。
4、针灸康复科
杭州市中医院针灸康复科，目前开展中医内、外、妇、儿、骨伤、五官科等各种杂病的诊治工作，如中风及其并发症（吞咽困难、偏瘫肩痛、尿潴留、尿失禁、便秘、认知障碍、抑郁、睡眠障碍）、老年性脑功能减退症、面神经炎、颈椎病、腰椎间盘突出症、退行性膝骨关节病、类风湿性关节炎、网球肘、腱鞘炎、眩晕、头痛、失眠、疱疹后神经痛、耳鸣耳聋、减肥、痛经、月经不调、多囊卵巢综合症、不孕症等。
5、脾胃病科（消化科）
杭州市中医院脾胃病科，拥有国际最先进的Olympus CV-260 电子胃镜、电子结肠镜、电子十二指肠镜、Fujinon2200电子胃镜、电子结肠镜、Fujinon SP-701超声内镜、Olympus胶囊内镜等先进设备。科室针对功能性胃肠病“气滞”“气虚”“湿阻”等特点，运用中西医理论，建立“疏肝”“健脾”“理气”“和胃”等治疗原则，然后根据病人的病情，而选择最适合的治疗方法。