上海脑梗塞医院排名第一的是复旦大学附属华山医院，需就诊于神经外科，该医院神经外科是国家重点学科，是国内主要的神经外科中心，临床医疗方面始终处于国内外先进水平。此外，还比较推荐上海交通大学医学院附属瑞金医院神经外科、复旦大学附属中山医院神经外科等，其中上海交通大学医学院附属瑞金医院神经外科是国家神经外科专科医师培训基地，复旦大学附属中山医院神经外科是国家重点学科、卫生部专科医师培训试点基地等。
第一名：复旦大学附属华山医院-神经外科
复旦大学附属华山医院神经外科是国家重点学科、国家临床重点专科、上海市领先学科、国家WHO神经科学研究与培训中心、复旦大学“重中之重”建设学科、上海市神经外科临床医学中心、上海市神经外科急救中心，是国内主要的神经外科中心，擅长脑梗塞的相关治疗。我国第一例脑肿瘤手术、第一例脑动脉瘤夹闭术、第一例脑干内生型血管母细胞瘤切除术、第一例自体干细胞脑内移植治疗开放性颅脑外伤等多个第一均在此开展；迄今为止共施行了逾10万例脑外科手术，在神经外科的临床医疗、科研和教学等方面始终处于国内外先进水平。
第二名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-神经外科
上海交通大学医学院附属瑞金医院神经外科是国家神经外科专科医师培训基地，国家神经外科专科医师师资培训基地，在国内率先开展双侧岩下窦采血诊断ACTH腺瘤，对于提高影像学阴性的早期库欣病病的诊断和指导术中微腺瘤定位起到很好作用。针对脑梗塞、库欣病的诊断与治疗处于国际领先水平，在世界上首先运用STN-DBS治疗肌张力障碍、DBS治疗药物依赖，以及手术治疗神经性厌食症。
第三名：复旦大学附属中山医院-神经外科
复旦大学附属中山医院神经外科是国家重点学科、卫生部专科医师培训试点基地，主要开展中枢神经神经肿瘤、功能神经外科、神经血管介入、脊柱疾病和颅脑创伤等神经外科疾病的诊治。在颅内肿瘤、椎管内肿瘤、脑梗塞和颅神经疾病的微创治疗方面颇具特色，还采用微创技术常规开展包括颅内复杂动脉瘤，颅咽管瘤，复杂垂体瘤，高颈髓髓内肿瘤，脑干、三脑室、海绵窦和斜坡区肿瘤等各型高难度神经外科手术。
第四名：上海交通大学医学院附属仁济医院-神经外科
上海交通大学医学院附属仁济医院神经外科是国家临床重点专科、国家重点建设学科。拥有Walter E.Dandy神经外科培训中心及亚洲神经外科医师联合会浦江培训中心、上海市颅脑创伤研究所及独立的神经外科实验平台。在脑肿瘤显微外科技术和内镜技术、脑梗塞综合治疗、颅脑创伤临床诊治、神经重症监护及脊柱脊髓等方面积累了丰富的经验。医疗规模和诊治能力、学科人才培养和学术水平总体处于国内先进水平。颅脑创伤救治已经处于国际先进水平。
第五名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-神经外科
上海交通大学医学院附属第九人民医院神经外科由中华医学会神经外科学会委员、国务院特殊津贴获得者丁美修教授创立，科室形成了以“功能周围功能神经外科”为旗帜的临床特色方向.结合神经电生理、神经影像、神经超声等技术支持，建立了功能周围神经外科的综合治疗体系。脑梗塞等多项临床诊疗技术达到了国内、国际领先水平，科室荣获华夏医学科技进步奖、上海医学科技进步奖等多项奖项。
第六名：上海市第六人民医院-神经外科
上海市第六人民医院神经外科是我国较早建立的神经外科专科之一，拥有目前国内最先进的诊疗设备和雄厚的技术力量，救治颅脑外伤的诊治是该科重要特色，也是上海市创伤急救中心的主要任务之一，针对脑梗塞的治疗在国内享有较高的知名度。每年开展大量的颅内肿瘤切除术，尤其在难度较大的颅底和脑深部肿瘤的微创手术方面，积累了丰富的经验。
第七名：上海长海医院-神经外科
上海长海医院神经外科是上海最早设立神经外科医院之一，目前已建设成为全国重点学科，全军脑血管病中心，上海市脑血病临床中心，神经外科硕士、博士点，第二军医大学博士后工作站。科室拥有全世界最先进的医疗设备；拥有独立的神经外科重症监护病房及先进的多导中心监护设备。科室以脑梗塞、颅底肿瘤、鞍区肿瘤诊治及功能神经外科为专业特色，年手术量2500余例次。治疗范围包括颅内动脉瘤、帕金森病、特发性震颤、强迫症、癫痫、及颅颈交界畸形、蛛网膜囊肿、脑积水、颅脑外伤等。
第八名：上海交通大学医学院附属新华医院-神经外科
上海交通大学医学院附属新华医院神经外科是上海交通大学医学院以及上海交通大学医学院附属新华医院的重点学科，是上海交通大学颅神经疾病临床诊治中心组长单位。具备了较强的医疗技术实力，尤其擅长颅神经疾病的微创治疗，颅底肿瘤的显微外科治疗，脑梗塞的直接与介入手术以及缺血性脑血管疾病的血供重建手术等，擅长采用五区减压法治疗三叉神经痛和五区减压法治疗面肌痉挛等，总体治疗效果达到了国际领先水平。
第九名：上海市第一人民医院-神经外科
上海市第一人民医院神经外科由国内著名神经外科先驱蔡宝贤教授始创于上世纪60年代，以垂体瘤、听神经瘤等颅底疾病微创诊疗、重症颅脑创伤救治、帕金森等功能疾病以及脑梗塞为诊疗特色。该院神经外科与国际神经外科接轨，形成以显微镜、内镜、导航、介入及分子诊断等新技术相结合的研究型微创神经外科特色。