吉林市比较好的医院是吉林市中心医院、吉林市人民医院、吉林省吉林中西医结合医院。吉林市中心医院是吉林地区规模最大的医院，省、市重点专科数量稳居全市之首，是国家卫生计生委确定的吉林省北部区域医疗中心。吉林市人民医院拥有东北三省规模最大的消化系疾诊疗体系，多项技术处于国际先进、国内领先水平。吉林省吉林中西医结合医院拥有1个国家名老中医工作室，15个省中医药管理局重点专科。
第一名：吉林市中心医院
吉林市中心医院是吉林地区规模最大，综合实力最强，集医疗、科研、教学、预防保健、康复于一体的大型现代化综合性三级甲等医院，是国家卫生计生委确定的吉林省北部区域医疗中心。省、市重点专科数量稳居全市之首；烧伤整形外科为省级重点专科；碳钛人工关节、肾脏病为省级重点研究室；心内科、病理科为省级特色专科；医院有心内科、神经内科、肾内科等16个市级重点专科。
第二名：吉林市人民医院
吉林市人民医院，集医疗、教学、科研、预防保健为一体的综合性三级甲等医院。现有临床医技科室77个，消化内科是吉林省特色专科，拥有东北三省规模最大的消化系疾诊疗体系，核医学、消化、肾内、血液、普外、内分泌是市重点专科。开展的“胃镜下胆总管取石术联合腹腔镜胆囊切除术”、“微创胆总管取石术”、“海博针治疗胰腺占位性病变”等技术处于国际先进、国内领先水平。
第三名：吉林省吉林中西医结合医院
吉林省吉林中西医结合医院，是集医疗、科研、教学和预防保健于一体，具有中西医结合特色优势的三级甲等综合性医院。吉林市体检中心是吉林省内具有领先水平的现代化专业体检机构。现拥有1个李吉平国家名老中医工作室，6个国家级重点专科(学科)，2个省级重点学科；15个省中医药管理局重点专科，5个省级研究室和1个省级重点研究室，以及10个市级重点专科（学科）。
第四名：北华大学附属医院
北华大学附属医院是一所科室建制完善、人才梯队合理、技术水平领先、医疗设备精良的综合性三级甲等医院。医院有临床科室33个，医技和其他技术科室15个，省重点专科2个，市重点专科7个。设有临床免疫研究室、心血管病研究室、脑血管病研究室、手显微外科研究室、医学真菌研究室、肾病（风湿病）研究室、呼吸病研究室、糖尿病与代谢性骨病研究室等8个研究室，其中临床免疫研究室为省卫生厅重点研究室。
第五名：中国人民解放军联勤保障部队第九六五医院
中国人民解放军联勤保障部队第九六五医院，是一所人才荟萃、技术雄厚、设备先进、设施齐全、环境优美的综合性三级甲等医院。医院消化内科、泌尿外科和麻醉科是沈阳军区重点专科。医院担负着第三军医大学、成都军医学院、第四军医大学、吉林军医学院、吉林大学医学院和延边大学医学院等院校的临床教学任务。
第六名：吉林市中西医结合肛肠医院
吉林市肛肠医院，拥有国内外大中型诊疗设备70余件，其中日本产电子结肠镜、意大利产超声环振直肠探头先进的设备可为肠道疾病提供可行的诊断依据。医院自行研制的“消炎栓”、“生肌散”外洗冲制、玉红沙条及多种术后中药饮剂等专科用药效果好，深受广大患者的欢迎和青睐。医院研究实施的治疗肛肠疾病的“全程无痛疗法”确保了肛肠病患者从治疗开始的全部过程在无疼痛的状态下进行，确实解决了肛肠病患者“疼痛”这一技术难题。
第七名：吉化集团公司总医院
吉化集团公司总医院，是集医疗、科研、教学、保健、康复、职业病防治和健康管理于一体的现代化三级甲等综合性医院，卫生部临床药师培训基地、吉林伽玛刀治疗研究中心、中国石油职业卫生技术服务中心、吉林市北部区域医疗中心等。医院近年来，完成国家、省、市科研89项，主持、参与制订完成国家强制执行的国家职业病诊断标准6项，获省市级科技进步奖42项。开展新技术283项，有42项填补省市空白。
第八名：中国人民解放军九六四医院
中国人民解放军九六四医院，是集医疗、教学、科研于一体的大型三级甲等综合医院，是省市医保、工伤定点医院和慢病审定医院，是地方多所医学院校临床教学医院。设有全军骨科中心、优生优育中心、口腔疾病诊治中心、临床药理基地，现有精神心理科、康复医学科、神经内科等3个特色科室，展开科室49个、床位1000张。
第九名：吉林医药学院附属医院
吉林医药学院附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的大型综合性医院，先后被认定为国家级住院医师规范化培训基地，卫生部中美脑中风协作组“脑中风筛查及防控工程”基地，卫生部医疗质量优胜单位，教育部临床医学本科生殖医学方向教材编委会主任委员单位，吉林省临床医学“十二五”高校优势特色重点培育一级学科单位，人才培养模式创新实验区单位，计划单列联合培养硕士研究生学科单位。
第十名：公主岭市中心医院
公主岭市中心医院，是一所集医疗、教学、科研、预防、急诊急救、康复为一体的国有非赢利性三级甲等综合医院。下设领西、河南两个社区卫生服务中心和16个社区卫生服务站。公主岭市急救中心、公主岭市产科急救中心、吉林为民司法坚定所设在我院。是新农合、医保(居民)、离休干部及各商业保险定点医院。