武警广东总队医院擅长的科室有心血管内科、外科(骨外科)、外科(普外)、妇产科、口腔科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心血管内科
武警广东总队医院心血管内科包括心血管、呼吸、神经内科、肾病等内科专业，学科建设和诊疗技术水平取得了长足的发展，逐步发展成为集医疗、预防、教学、科研为一体的多特色临床科室。
2、外科(骨外科)
武警广东总队医院外科(骨外科)科室技术力量雄厚、专科设备齐全、危重病人救治成功率高，特别是在严重多发伤、多发骨折的救治方面积累了丰富的经验，救治能力处于武警部队和广东地区先进水平。是武警部队急救外科研究所的重要组成科室。科室配有先进的椎间盘镜系统、骨科专用手术床、四肢CPM康复器等骨科专用设备及各种抢救设备。可开展髋膝等关节置换术、脊柱前后路内固定术、各种复杂骨折的手术和非手术治疗等项技术。
3、外科(普外)
武警广东总队医院外科(普外)技术力量雄厚，设备先进，已开展了包块全肝血流阻断、肝中叶、肝尾叶切除在内的各型肝切除术、胰12指肠切除、各类腹部肿瘤根治切除术。甲状腺专科每年开展甲状腺机能亢进症及甲状腺腺瘤、甲状腺肿、甲状腺癌等手术近500余例，在广州地区率先开展应用腹腔镜微创保胆取石术治疗胆囊结石（息肉）病，在广州地区享有盛誉。
4、妇产科
武警广东总队医院妇产科是广东省驻军医院首家被国家卫生部授予的“爱婴医院”，是武警部队优生优育技术中心成员学科，是医院近年来重点发展的科室之一。产科为孕产妇提供的母婴俱乐部、产后康复治疗、新生儿游泳服务等特色服务；妇科为患者提供的小切口妇科系列手术，经阴道妇科系列手术，腹腔镜、宫腔镜、阴道镜下检查及手术，妇科肿瘤放射治疗及放射介入治疗等系列的微创手术及妇女保健宣教等。
5、口腔科
武警广东总队医院口腔科现为武警医院重点特色专科之一，是集医疗、教学、科研于一体的综合性专业科室。其规模和技术水平在全国武警部队中位居前列。设有口腔综合诊断治疗室、口腔正畸室、口腔修复室、预防保健及口腔专家诊室。科室技术力量雄厚。
