泉州市第一医院擅长血液内科、儿科、小儿外科、中医科、消化内科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、血液内科
是集医疗、教学、科研、康复为一体，在全省享有盛誉的血液病诊疗中心。采用免疫化疗等综合疗法治疗弥漫大B细胞性淋巴瘤、慢性淋巴细胞白血病等淋巴瘤患者。采用夾心放化疗应用于早期结外NK/T细胞淋巴瘤，其完全缓解率、长期无病生存达到国内先进水平。
2、儿科
是福建省儿童急救分中心、福建省新生儿救治网络分中心。技术力量雄厚，开展的儿科呼吸内镜诊疗技术已达国内先进水平，重症超声技术在本地区也处于领先水平。
3、小儿外科
是医疗设施齐全、技术力量雄厚，集医疗、科研、教学、保健于一体的临床学科。在泉州市早期开展肾积水及精索静脉曲张的腹腔镜治疗，在肾积水、尿道下裂、包茎、隐匿阴茎、隐睾、鞘膜积液、精索静脉曲张等疾病的治疗上，经验颇丰。
4、中医科
以中医辨证施治和专病专方相结合，形成一套行之有效的临床诊疗方法。擅长治疗脾胃系统、心肾系统及呼吸系统的相关慢性病及疑难杂症，如顽固性咳嗽、哮喘、慢性胃炎、食管炎、不明原因心悸胸闷、失眠、眩晕头痛等。
5、消化内科
是集医疗、教学和科研为一体的消化专科。常规开展多种内镜检查及微创技术，能全面诊治消化内科各种常见病以及急、危、重、疑难病例，尤其在胰腺疾病、炎症性肠病、内镜微创治疗等具有优势。