中国人民解放军八一医院擅长肿瘤内科、消化内科、儿科、心胸外科、泌尿外科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、肿瘤内科
科室医疗设备先进，规模位列全军各级医院肿瘤科室第一，在华东地区处于领先水平。现已建设成为技术力量雄厚，集医疗、科研、教学于一体的重点学科，在全军乃至国内外享有盛誉。
2、消化内科
是江苏省和南京市最早、最多开展无痛胃肠镜检查、腹腔穿刺腹膜活检工作的单位，医务人员临床经验丰富，现已成为军内及省市医院中规模较大、并具有一定影响力的科室之一。
3、儿科
科室多次被上级党委评为基层建设先进单位、医疗达标先进科室、医德医风先进科室等，在紧抓临床工作的同时，一直注重抓好科研及教学工作，同时常年为儿童常见病的防治进行宣教，受到家长们的热烈欢迎。
4、心胸外科
现已发展成为包括电化学专科门诊、重症监护病房、肺癌诊治中心、心脏外科的综合科室，先后获得军队科技进步二等奖4项、军队医疗成果二等奖1项，以及军队科技进步和医疗成果三、四等奖5项。
5、泌尿外科
科室拥有多套医疗设备，主要收治泌尿系肿瘤、结石、感染、梗阻性疾病、肾上腺疾病、先天性畸形等疾病患者，同时积极开展男性优生优育、生殖健康咨询及技术服务，受到患者好评。
