鹰潭市中医院擅长的科室有儿科、推拿科、针灸科、眼科、口腔科等。
1、儿科
鹰潭市中医院儿科人才荟萃、医术精湛、设备先进、服务优质，是该医院的领先科室，目前为江西省临床重点专科、江西省中医药管理局中医特色专科专病。科室拥有新生儿暖箱、蓝光治疗箱、血氧饱和度监护仪等配备，中医药特色突出，目前已开展中药贴敷（止泻贴和青敷膏）、中药熏浴治疗、小儿捏脊治疗、普通针刺和中药塌渍治疗等技术，坚持中医药特色发展，解除了患者病痛，疗效显著，赢得了本市及邻近地区患儿家属的信任。
2、推拿科
鹰潭市中医院推拿科为国家中医药管理局重点学科。以推拿、牵引为主治疗各类颈肩腰腿痛如颈椎病、肩周炎、腰椎间盘突症等病症；以针灸、火罐为主治疗中风后遗症、面瘫等病症；体疗、作业疗法以促进“三瘫”（偏瘫、截瘫、小儿脑瘫）、肢体关节损伤后功能障碍的功能恢复为独特的优势。在推拿治疗腰痛病等病症中，该科形成了“指压、指振、指拔、提转”的独持手法。
3、针灸科
鹰潭市中医院针灸科是江西省中医药管理局中医特色专科，在坚持针灸、牵引、火罐、电针、三棱针（刺络放血）、温针灸、隔物灸等传统疗法的基础上，不断继承创新，先后引进了醒脑开窍针法、天灸疗法(冬病夏治、冬病冬治)疗法、中药离子导入疗法等特色疗法。适应症是：颈椎病、肩周炎、腰椎间盘突出症、腰椎骨质增生症、风湿性关节炎、类风湿性关节炎、带状疱疹后遗神经痛、中风、面瘫、头痛、眩晕、失眠、小儿脑瘫、鼻炎和亚健康状态等。
4、眼科
鹰潭市中医院眼科是国家中医药管理局重点学科，江西省中医临床重点专科。拥有OCT、眼底荧光造影等先进诊疗设备，开展了一系列以中医和中西医结合治疗方法治疗干眼症、泪道病、角膜病、葡萄膜炎、视网膜疾病、糖尿病眼病（如糖尿病视网膜病变、黄斑水肿、玻璃体出血）、视神经病（如急性视神经炎、视神经萎缩）等常见病、疑难病，取得较好疗效。开展了白内障超声乳化加人工晶体植入、小梁切除等手术。
5、口腔科
鹰潭市中医院口腔科是江西省中医药管理局中医特色专科专病。擅长口内、口外、修复、正畸、种植、儿童牙病等诊疗技术，在本市处于技术领先水平。口腔科拥有美国进口口腔CT（锥束CBCT），瑞典进口扫描仪，美国进口根测仪，美国进口根扩机，美国进口热牙胶机，瑞士进口洁牙喷砂机，以及先进的现代化口腔综合治疗椅，口腔数字化椅旁设备，根尖片机等多种先进设备。
