皖南医学院弋矶山医院擅长的科室有皮肤性病科、骨科、耳鼻咽喉、神经内科、血液内科等。
1、皮肤性病科
皖南医学院弋矶山医院，皮肤性病科亚专业开展齐全，现已开展性传播疾病、皮肤外科、皮肤美容、皮肤病理、皮肤影像、皮肤真菌、光动力治疗等亚专业。病房常年收治各种疑难、危重以及不适合在门诊治疗的皮肤性病患者，在重症药疹、结缔组织疾病、各种疱病、晚期梅毒等疑难、危重患者诊治方面具有丰富临床经验，救治成功率高。科室拥有皮肤CT、皮肤镜、超脉冲二氧化碳点阵激光、全仓紫外线、红蓝光等仪器设备。
2、骨科
皖南医学院弋矶山医院骨科，是以急诊创伤骨科为主的综合性科室，主要收治各种类型的脊柱、骨盆及四肢部位的创伤和创伤性疾病，并以脊柱外科、关节镜外科、小儿骨科为特色，兼顾老年骨科疾病、骨肿瘤、显微外科的治疗。近年来科室开展了高位颈椎疾病手术、经胸脊柱侧方内固定术、多个关节一期置换术、椎间盘微创治疗、运用关节镜微创治疗膝关节疾病、小儿先天性髋关节脱位保守治疗、高龄患者骨科疾病手术干预等高难度手术和先进技术。
3、耳鼻咽喉
皖南医学院弋矶山医院耳鼻咽喉，配置了多套蔡氏手术显微镜、耳动力系统、耳内镜、高清鼻内镜鼻动力系统、STORZ支撑喉镜、低温等离子治疗系统、床垫式多导睡眠监测系统、奥林巴斯电子鼻咽喉镜以及德卡CO2激光治疗系统。临床听力中心拥有听力计、中耳分析仪、脑干诱发电位仪等全套听力检测设备等。目前正常开展耳鼻咽喉-头颈外科各种常规及一些高难度手术。
4、神经内科
皖南医学院弋矶山医院神经内科，致力于脑血管病、神经系统感染与免疫疾病、癫痫、帕金森氏病、重症肌无力、肌病、脱髓鞘疾病等疾病诊疗科研工作。常规开展颅内外动脉粥样硬化狭窄评估与治疗、全脑灌注检查、颅内动脉磁共振高分辨率检查、血栓弹力图检测、药物基因检测以及TCD技术的围手术期应用等脑血管病领域先进诊疗技术。同时开展多导睡眠监测，肉毒毒素治疗肌张力障碍疾病，认知障碍专病诊治，神经系统疾病病损多学科康复诊疗等先进诊疗手段。
5、血液内科
皖南医学院弋矶山医院血液内科，已开展非血缘脐血支持下强化免疫抑制治疗重型或极重型再生障碍性贫血和细胞免疫治疗技术。科室建立了非血缘造血干细胞采集、单次/分次全射照射、造血干细胞冻存、外周血及骨髓造血干细胞采集技术，率先在皖江地区开展“脐带血造血干细胞移植”及“异基因造血干细胞移植”两项第三类医疗技术。
